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两个不同毒力小麦叶锈菌菌株的转录组分析的开题报告

一、研究背景

小麦叶锈病是世界上最为严重的两种小麦病害之一，给全球粮食安全带来了极大的威胁。小麦叶锈病由叶锈菌（Pucciniatriticina）引起，叶锈菌是一种寄生真菌，该真菌持续通过千禧年以来一直是全球小麦产业中的主要威胁。不同菌株的毒力和病原性表现出很大的差异，因此理解差异背后的分子机制和遗传基础具有重要意义。

二、研究目的

本研究旨在比较两个不同毒力的小麦叶锈菌菌株，通过转录组分析，探究不同毒力之间的分子机制和基因调控网络。

三、研究方法

1.样本采集

本研究将分别采集两个不同毒力的小麦叶锈菌菌株96-2和Zym13的菌丝样本进行转录组测序。

2.总RNA提取和库构建

从采集的样品中提取总RNA，按照说明书分别进行两个菌株的RNA-seq测序库构建。

3.转录组测序和分析

采用IlluminaHiSeqXTen平台进行RNA-seq测序，获取高质量的转录组数据，得到两个不同毒力小麦叶锈菌的转录组数据。

相关软件进行数据处理和分析，包括质控，比对到基因组，差异基因分析等操作。进一步比较两个菌株的转录谱得到差异表达基因信息。采用基因本体分析、KEGG通路分析等其他生物信息学手段，进一步揭示分子机制和潜在的关键基因调控网络。

四、研究意义

通过转录组测序和分析，可以比较两个不同毒力小麦叶锈菌的转录谱，寻找差异表达的关键基因，探究菌株毒力差异背后的分子机制和基因调控网络，对未来的抗病育种和化学防控研究具有重要的理论和实践意义。