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豪猪血蜱转录组测序分析汇报人：2024-01-24

引言实验设计与方法豪猪血蜱转录组测序结果差异表达基因分析豪猪血蜱转录组测序结果验证与应用总结与展望contents目录

01引言

蜱虫是重要的病媒生物，传播多种疾病，对人类和动物健康构成威胁。豪猪血蜱作为一种常见的蜱虫，其转录组测序分析有助于深入了解其生物学特性和致病机制。通过转录组测序技术，可以揭示豪猪血蜱基因表达谱和调控网络，为防控蜱传疾病提供科学依据。研究背景和意义

豪猪血蜱简介01豪猪血蜱（Haemaphysalishystricis）是一种硬蜱科血蜱属昆虫，广泛分布于我国南方地区。02豪猪血蜱是多种病原体的传播媒介，如病毒、细菌、立克次体等。豪猪血蜱的生活史包括卵、幼虫、若虫和成虫四个阶段，成虫寄生于哺乳动物体表吸血。03

转录组测序技术概述转录组测序（RNA-Seq）是一种高通量的基因表达分析技术，能够全面检测某一物种或特定细胞在某一状态下的基因表达情况。RNA-Seq技术基于第二代测序平台，具有高通量、高灵敏度、高分辨率等优点。通过RNA-Seq技术，可以获得基因表达谱、新基因发现、基因结构变异、转录本变异等多方面的信息。

02实验设计与方法

实验材料准备选择健康、无寄生虫感染的豪猪，从其皮肤上采集血蜱样本，确保样本的纯度和数量满足实验需求。RNA提取使用Trizol等试剂对血蜱样本进行总RNA提取，通过琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测RNA的质量和浓度。cDNA文库构建以提取的总RNA为模板，利用Oligo(dT)磁珠富集mRNA，随后加入fragmentationbuffer将mRNA打断成短片段，以短片段mRNA为模板，合成cDNA。豪猪血蜱样本采集

文库质检将合格的cDNA文库在Illumina测序平台上进行测序，产生大量的原始测序数据（rawdata）。上机测序数据质量评估对原始测序数据进行质量评估，包括碱基质量分布、碱基错误率、GC含量等指标的统计分析。使用Agilent2100Bioanalyzer对构建的cDNA文库进行质检，确保文库的质量和浓度满足测序要求。转录组测序实验流程

数据预处理去除原始测序数据中的接头序列、低质量序列和污染序列，得到高质量的cleandata。利用Trinity等组装软件对cleandata进行组装，得到转录本序列（transcripts）。将组装得到的转录本序列与公共数据库（如NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG等）进行比对，获取基因的功能注释信息。利用DESeq2等软件进行差异表达分析，找出不同样本或不同处理组之间的差异表达基因（DEGs）。对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，揭示差异表达基因可能参与的生物学过程和代谢通路。序列组装差异表达分析功能富集分析基因功能注释数据处理与分析方法

03豪猪血蜱转录组测序结果

通过测序平台获得的原始数据，经过质量评估，包括碱基质量值分布、序列长度分布等，以确保数据的准确性和可靠性。去除低质量序列、接头污染序列等，得到高质量的cleanreads，为后续分析提供准确的数据基础。测序数据质量评估数据过滤与清洗原始数据质量

基因表达水平分析基因表达量统计利用转录组测序数据，对基因表达量进行统计，包括FPKM、TPM等表达量指标的计算。差异表达分析通过比较不同样本或不同条件下的基因表达量，筛选出差异表达基因，为后续研究提供候选基因。

新基因预测利用生物信息学方法，对转录组测序数据进行新基因预测，发现可能的新转录本。基因功能注释对新发现的基因进行功能注释，包括GO注释、KEGG注释等，以揭示这些基因可能参与的生物学过程或通路。新基因发现与注释

04差异表达基因分析

差异表达基因筛选标准为控制假阳性率，采用多重检验校正方法对原始P-value进行校正，得到校正后的显著性水平。校正后的显著性水平（AdjustedP-value）通过比较两组样本间基因表达量的差异倍数，筛选出在实验组和对照组间具有显著差异表达的基因。差异倍数（FoldChange）利用统计学方法计算每个基因在两组样本间表达差异的显著性水平，以判断差异是否由随机误差引起。显著性水平（P-value）

基因功能注释通过比对差异表达基因序列与公共数据库中的已知基因序列，获取基因的功能注释信息，包括基因名称、功能描述等。GO注释利用GeneOntology（GO）数据库对差异表达基因进行功能分类注释，揭示基因参与的生物过程、细胞组分和分子功能。KEGG注释通过比对差异表达基因与KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes（KEGG）数据库中的代谢通路信息，分析基因在代谢途径中的作用。010203差异表达基因功能注释

GO富集分析对差异表达基因进行