Dynamic-Programming-Sequence-alignment：动态规划序列比对.pptVIP

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2024-07-18 发布于北京
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Dynamic-Programming-Sequence-alignment：动态规划序列比对.ppt

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DynamicProgramming:SequencealignmentCS466SaurabhSinha

DNASequenceComparison:FirstSuccessStoryFindingsequencesimilaritieswithgenesofknownfunctionisacommonapproachtoinferanewlysequencedgene’sfunctionIn1984RussellDoolittleandcolleaguesfoundsimilaritiesbetweencancer-causinggeneandnormalgrowthfactor(PDGF)geneAnormalgrowthgeneswitchedonatthewrongtimecausescancer!

CysticFibrosisCysticfibrosis(CF)isachronicandfrequentlyfatalgeneticdiseaseofthebodysmucusglands.CFprimarilyaffectstherespiratorysystemsinchildren.SearchfortheCFgenewasnarrowedto~1Mbp,andtheregionwassequenced.Scannedadatabaseformatchestoknowngenes.AsegmentinthisregionmatchedthegeneforsomeATPbindingprotein(s).Theseproteinsarepartoftheiontransportchannel,andCFinvolvessweatsecretionswithabnormalsodiumcontent!

RoleforBioinformaticsGenesimilaritiesbetweentwogeneswithknownandunknownfunctionalertbiologiststosomepossibilitiesComputingasimilarityscorebetweentwogenestellshowlikelyitisthattheyhavesimilarfunctionsDynamicprogrammingisatechniqueforrevealingsimilaritiesbetweengenes

MotivatingDynamicProgramming

Dynamicprogrammingexample:

ManhattanTouristProblemImagineseekingapath(fromsourcetosink)totravel(onlyeastwardandsouthward)withthemostnumberofattractions(*)intheManhattangridSink***********Source*

Imagineseekingapath(fromsourcetosink)totravel(onlyeastwardandsouthward)withthemostnumberofattractions(*)intheManhattangridSink***********Source*Dynamicprogrammingexample:

ManhattanTouristProblem

ManhattanTouristProblem:FormulationGoal:Findthelongestpathinaweightedgrid.Input:AweightedgridGwithtwodistinctvertices,onelabeled“source”andtheotherlabeled“sink”Output:AlongestpathinGfrom“source”to“sink”

MTP:AnExample32407333013244564655822501230123jcoordinateicoordinate

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