常用生物数据库和数据格式公开课一等奖市赛课一等奖课件.pptxVIP

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2024-07-19 发布于浙江
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常用生物数据库和数据格式公开课一等奖市赛课一等奖课件.pptx

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常用生物数据库和数据格式

基本内容生物数据库有关背景常用数据格式fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG）Interpro蛋白功能数据库常用基因组数据库UCSC基因组浏览器Ensembl基因组注释数据库2

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5?数据多，数据格式多，数据库也多。怎样找到我们想要旳数据库呢？

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FASTQsequenceformat11与fasta格式类似一条序列一般占用四行序列和质量值各占一行

12/88GenBankFileFormatLOCUSSCU498455028bpDNAlinearPLN21-JUN-1999DEFINITIONSaccharomycescerevisiaeTCP1-betagene,partialcds;andAxl2p(AXL2)andRev7p(REV7)genes,completecds.ACCESSIONU49845VERSIONU49845.1GI:1293613KEYWORDS.SOURCESaccharomycescerevisiae(bakersyeast)ORGANISMSaccharomycescerevisiaeEukaryota;Fungi;Ascomycota;Saccharomycotina;Saccharomycetes;Saccharomycetales;Saccharomycetaceae;Saccharomyces.REFERENCE1(bases1to5028)AUTHORSTorpey,L.E.,Gibbs,P.E.,Nelson,J.andLawrence,C.W.TITLECloningandsequenceofREV7,agenewhosefunctionisrequiredforDNAdamage-inducedmutagenesisinSaccharomycescerevisiaeJOURNALYeast10(11),1503-1509(1994)PUBMED7871890......FEATURESLocation/QualifiersCDS1..206/codon_start=3/product=TCP1-beta/protein_id=AAA98665.1/db_xref=GI:1293614/translation=SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEAAEVLLRVDNIIRARPRTANRQHMgene687..3158/gene=AXL2......ORIGIN1gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatct