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Intelc编译器 /opt/intel/cce/bin/icc
Intelfortran90编译器 /opt/intel/fce/10.0.018/bin/ifort
Export FC90=ifort
-comm=shared 每个节点都是SMP节点。
#cd/tmp/mpi-1.2.7
#./configure --prefix=/cluster/mpich1.2.7–fc=ifort -rsh=ssh -comm=shared
10月26日10.7
#./configure --prefix=/cluster/mpich1.2.7 --with-comm=shared
1.Q:Myjobrunstocompletionbutexitswiththemessage
Timeoutinwaitingforprocessestoexit.
Thismaybedueto
adefective
rshprogram(SomeversionsofKerberosrsh
havebeenobserved
tohavethis
problem).
ThisisnotaproblemwithP4ormpichbut
aproblemwiththe
operating
environment. Formanyapplications,thisproblemwillonlyslowdownprocesstermination.
Whatdoesthismean?
A:IfanythingcausestherundowninMPI_Finalizetotakemorethanabout5
minutes,itbecomessuspiciousofthershimplementation.ThershusedwithsomeKerberosinstallationsassumedthatsizeof(FD_SET)==sizeof(int).ThismeantthatthershprogramassumedthatthelargestFDvaluewas31.Whenaprogramusesforktocreateprocessesthatlaunchrsh,whilemaintainingthestdin,stdout,andstderrtotheforkedprocess,thisassumptionisnolongertrue,sincetheFDthatrshcreatesforthesocketmaybegreaterthan31ifthereareenoughprocessesrunning.Whenusingsuchabrokenimplementationofrsh,thesymptomisthatjobsneverterminatebecausethershjobsarewaiting(withselect)forthesockettoclose.
#tarzxvfmpich.tar.gz
tar命令将mpich.tar.gz展成一个目录:/tmp/mpich-1.2.7
假如不是使用g77编译器(Linux系统自带的Fortran77编译器),使用其他的编译器,必须重新编译安装
mpich软件包。Mpich软件包在OSCAR之后安装。
假如使用intel的fortran编译器,fortran编译程式必须在PATH路径中。使用下面的命令检查一下:
#echo$PATH
假如PATH中出现intel的fortran编译器,则跳过此处PATH的配置。假设Intel编译程式的安装路径使用缺省路径(假如修改缺省路径要相应修改),修改/etc/profile文档,找到export中带有PATH的一行,在export语句的前面增加下面一行:
PATH=/opt/intel_cc_80/bin:/opt/intel_fc_80/bin:$PATH
然后注销,重新登陆,使用echo命令检查一下,然后运行ifc命令检查一下是否配置正确。
#echo$PATH#ifc
假如有问题,必须检查问题所在,并改正。配置
在编译之前必须配置mpich软件包,以便
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