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采用GeneiousPrime软件进行多序列比对及系统发育树构建

GeneiousPrime软件结合几乎所有主要的生物信息学分析工具，主要功能如下：

1.可以查看测序所得的序列的原始的峰图文件

2.可以对序列文件进行多序列alignment比对

3.可以有哪些信誉好的足球投注网站基因的Motif和开放阅读框（ORF）

4.可以对序列进行BLAST比对（同在NCBI里进行BLAST一样，如果NCBI

加载不出来，可以尝试在该软件里进行BLAST）

5.可以构建系统发育树（可采用RaxML，PAUP，PhyML，MrBayes，Geneious

treebuilder，Consensustreebuilder）

6.可以进行基因组ContigAssembly和色谱编辑

7.可以分析限制性内切酶

8.可以进行引物设计

9.可以预览观看蛋白质的3D结构

10.整合数据库集成检索与GenBank，PubMed，BLAST和UniProt

11.通过互联网协作和共享数据

12.公开一些生物信息学的免费插件

13.含有多种标准的生物信息学等应用工具

今天我们来学习一下怎样用这个软件通过PAUP，RaxML，PhyML，MrBayes来

构建系统发育树。

该软件的界面视图的截图如下图：

首先需要先安装这个软件（GeneiousPrime），软件的下载地址如下：

/download/

软件安装后，打开该软件，序列比对与建树具体流程如下：

1.将准备好建树的fasta类型序列文件进行Alignment处理，操作见下图：

2.进行Alignment时我们可以选择Muscle，Clustal，GeneiousAlignment等，具

体操作如下图：

2.1然后我们就可以选择序列alignment的方法了（可选择Muscle，Clustal，

GeneiousAlignment等方法见下图）

2.2.1选择好比对方法并点击OK后，运行结果界面如下图：（注1：会出现

如下图圈出来的alignment文件，我们要选中它哦，方便我们手动编辑后

进行保存。注2：在这个图中因为太拥挤了，所以我们不能看到每条序列

的碱基，而只能看到不同的颜色。不着急，下一步的操作我们就可以看

到碱基啦。）

2.2我们可以连续点击右侧如下图的放大按钮，就可以看到比对碱基的情况了。

2.3我们可以根据比对结果对文件进行人工手动校对（注：如果需要删除一部分

碱基，我们可以先选中这部分碱基，然后点击鼠标右键选中DeleteSelete

bases），校对后点击如下图的Save按钮进行保存。

2.4保存后，接下来就可以将这个alignment文件输出到电脑上了。

2.4.1首先需要先选中需要保存的那个alignment文件，见下图：

2.4.2选中后，我们需要依次点击菜单栏上的FileExportSelected

Document，见下图：

注：该软件可以将alignment文件输出的文件类型如下表所示：

2.5保存完之后，我们需要安装建树的插件，具体步骤是点击菜单栏的Tools

Plugins，然后再选择想要安装的建树插件

注：我们可以选择安装PAUP，RaxML，PhyML，MrBayes等插件，见下图：

2.6然后就可以点击菜单栏的Tree选项进行建树了，具体见下图（以PAUP为例）：

注：如果我们选择PAUP建树，并点击OK后弹出无法运行的页面如下图时我们

需要点击Change，然后需要我们在自己的电脑里找到我们以前安装的PAUP软

件，切记一定要是paup4c.exe，而不是paup4.exe。

2.7我们可以在自己电脑的PAUP4安装文件夹里找到paup4c.exe，如下图：

2.8接下来就可以直接建树了，点击下图中的TreeView就可以看到系统树了。

2.9而对于另外的RaxML，PhyML，MrBayes等建树我们不需要在电脑上单独安

装这些软件