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人工饲养条件下虎肠道菌群结构研究开题报告

一、选题背景和意义

虎（Pantheratigris）是我国世界自然遗产的代表性动物之一，也是国家一级重点保护野生动物。随着社会经济的快速发展和人口的增加，野生虎的栖息地逐渐减少，被迫迁移或与人类社区接触，导致多种疾病的传播和感染，其中肠道道菌群失调是较为常见的问题之一。目前在人工饲养过程中，虎出现肠道感染的情况时常发生，严重影响虎的生长发育以及繁殖健康。

因此，本课题将利用高通量测序技术分析野生虎和人工饲养虎肠道菌群结构的差异，探究人工饲养条件下虎肠道菌群的变化规律，为虎的健康管理提供理论依据。

二、研究内容

1.采集样品

采集野生虎和人工饲养虎的粪便样品，采样前消毒并用无菌容器进行混合，存储在-80℃的冰箱中备用。

2.DNA提取

利用常规提取法提取样品中的总DNA，并通过NanoDrop光谱仪检测DNA纯度和浓度。

3.16SrDNA扩增和测序

选择V3-V4区域为扩增目标，设计引物用PCR扩增最终测序片段，纯化PCR产物后送往测序公司进行IlluminaMiSeq测序。

4.数据分析

采用QIIME2软件对测序数据进行质量控制、序列匹配、OTU聚类、物种注释等分析，获得各个群落的OTU代表序列，制作菌群分布曲线、热图、PCA分析等，比较野生虎和人工饲养虎菌群结构的差异，并结合宿主动物的生长和健康信息及采样环境等信息来解释菌群结构的变化。

三、预期成果

1.获得野生虎和人工饲养虎肠道菌群结构的差异性，为后续针对菌群进行更深入研究奠定基础。

2.为保护野生虎和改善人工饲养虎的健康提供理论依据。

3.发表相关研究论文及其他学术成果。