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第
43
卷
第
2
期西
南
林
业
大
学
学
报Vol.
43
No.
2
2023
年
3
月JOURNAL
OF
SOUTHWEST
FORESTRY
UNIVERSITYMar.
2023
DOI:
10.11929/j.swfu.202111038
引文格式：沈莲文,
田金红,
王玉昌,
等.
2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].
西南林业大学学报（自然科
学）,
2023,
43(2):
44–53.
2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析
1,21,21,21,21,21,2
沈莲文
田金红
王玉昌
杨
林
亚华金
王大玮
（1.
西南林业大学云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室，云南
昆明
650233；2.
西南林业大学西南山地森林资源保育与
利用教育部重点实验室，云南
昆明
650233）
摘要：
利用Codon
W、CUSP及R语言等软件对2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性
进行分析。结果表明：两者叶绿体基因组密码子的GC含量均为GC＞GC＞GC，说明密码子第
123
3位碱基A/U含量高。大部分有效密码子数（ENC）都在45以上，CAI平均值为0.167，说明密码
子偏好性弱。ENC−plot、PR2−plot及中性绘图分析表明GC、GC与GC之间相关性不明显；且
123
第3位碱基使用频率为T
A，G
C，说明2种玉兰属植物叶绿体基因组密码子的偏好形成受到自
然选择和基因突变的共同影响，自然选择为主要影响因素。利用相对使用度(RSCU)
、ENC值共筛
选出30个最优密码子，大部分以A/U结尾，证明二乔玉兰和日本辛夷2种玉兰属植物叶绿体基因
组密码子第3位碱基偏好A/U。
关键词：二乔玉兰；日本辛夷；叶绿体基因组；密码子偏好性
中图分类号：S685.15文献标志码：A文章编号：2095−1914(2023)02−0044−10
Analysis
of
Codon
Usage
Bias(CUB)
in
the
Chloroplast
Genomes
of
2
Yulania
species
1,2
1,2
1,2
1,2
1,2
1,2
Shen
Lianwen,
Tian
Jinhong,
Wang
Yuchang,
Yang
Lin,
Ya
Huajin,
Wang
Dawei
(1.
Key
Laboratory
for
Forest
Genetic
and
Tree
Improvement
Propagation
in
U
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