蛋白质结构与功能预测.ppt

******************************InterPro蛋白家族信息AC号，家族名称家族蛋白其他数据库中的收录情况相关的其他家族条目类型第50页,共78页，星期六，2024年，5月InterPro蛋白家族信息生物体内的信息说明结构链接数据库链接第51页,共78页，星期六，2024年，5月InterPro蛋白家族信息该家族蛋白在不同种类生物体中出现情况其他家族与该家族的重叠情况第52页,共78页，星期六，2024年，5月*练习四：InterProScanhttp://www.ebi.ac.uk/InterProScan/数据：C:\ZCNI\shixi4\protein.txt第53页,共78页，星期六，2024年，5月五、蛋白质三维结构预测方法特点工具同源建模法(Homology/Comparativemodelling)基于序列同源比对，对于序列相似度30％的序列模拟比较有效，最常用的方法SWISS-MODEL，CPHmodels串线法/折叠识别法(Threading/Foldrecognition)“穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大THREADER，3D-PSSM从头预测法(Abinitio/Denovomethods)基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测HMMSTR/ROSSETA第54页,共78页，星期六，2024年，5月*蛋白质结构预测精度第55页,共78页，星期六，2024年，5月同源建模法分析步骤：多序列比对与已有晶体结构的蛋白质序列比对确定是否有可以使用的模板序列相似度30%序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息构建三维模型三维模型准确性检验Whatcheck程序Ramachandranplot计算检验手工调整多序列比对，重新拟和，构建新的模型第56页,共78页，星期六，2024年，5月第57页,共78页，星期六，2024年，5月常用数据库数据库网站备注PDB/pdb/home/home.do主要的蛋白质三维结构数据库MMDB/Structure/MMDB/mmdb.shtmlNCBI维护的蛋白质结构数据库Psdb/~deerfiel/PSdb/从PDB和NRL-3D数据库中衍生出的数据库，含二级结构和三维结构信息3DinSighthttp://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html整合了结构、性质（氨基酸组成、热力学参数等）、生物学功能（突变点，相互作用等）的综合数据库，FSSPhttp://www.ebi.ac.uk/dali//fssp/根据结构比对的蛋白质结构分类数据库SCOPhttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/蛋白质结构分类数据库，将已知结构蛋白进行有层次地分类CATH/latest/index.html另一个有名的蛋白质结构和结构域主要结构分类库MODBASE/modbase-cgi/index.cgi用同源比对法生成的模型结构数据库EnzymeStructurehttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/从PDB数据库中整理已知结构的酶蛋白数据库HSSPhttp://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/根据同源性到处的蛋白质结构数据库第58页,共78页，星期六，2024年，5月模板有哪些信誉好的足球投注网站与比对工具网站备注PSI-BLAST/BLAST/位置特异性叠代BLAST，可用来有哪些信誉好的足球投注网站远源家族序列FASTA3http://www.ebi.ac.uk/fasta33/位于EBI的序列比对工具SSEARCHrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi采用Smith/Waterman法来进行序列比对ClustalWhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html多序列比对工具，位于EBIT-Coffeehttp://www.ebi.ac.uk/t-coffee/用多种方法（如ClustalW、DIalign等）来构建多序列比对Multalinhttp://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/multalin/multalin.ht