QTL精细定位和克隆的策略.pptVIP

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2024-08-27 发布于重庆
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QTL精细定位和克隆的策略.ppt

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StrategiesforFineMappingcloningQTLs

Mostoftheimportantmorphological,physiologicalandagronomicaltraitsarequantitativetraits,whicharealwaysanalyzedbyQTLnapping.

What’sQTL?StatisticmethodQuantitativetraitQTL3QTL2QTL1gene1gene3gene2gene7gene6gene5gene4expression

Abundanceofavailablemolecularmarkersfacilitatethedetectionofgeneticfundamentalofquantitativetraits

TwoStepsForQTLAnalysisSTEP1:FromPhenotypetoQTLPrimaryMappingFinemappingSTEP2:FromQTLtoGeneQTL--QTG--QTN

STEP1STEP2

StrategiesforFineMappingcloningQTLs

StillachallengeworkPolygeneminoreffectComplicatedepistasisesGxESolutionAdvancedmappingpopulationProgenytest

Finemapping

PrerequisitesAdvancedpopulationsSaturatedmarkersPropermethods

Populationsforprimarymapping

AdvancedpopulationsforfinemappingPrimaryresultdependentpopulationsNIL,RHL(HIF),QTRPrimaryresultindependentpopulationsIL,CSSL,SSSL

Primaryresultdependentpopulations–NIL(NearIsogonicLine)Advantage:IdenticalbackgroundEasytodetectepistasisDisadvantageLaboriousLongtimeconsumed

Primaryresultdependentpopulations–RHL(ResidualHeterozygousLine)Advantage:IdenticalbackgroundonetimeformakerassistantselectionbackcrossfreeDisadvantageNotfitfordetectingepistasis

Primaryresultdependentpopulations–QIR(QTLIsogenicRecombinants)Advantage:easytoconstructDisadvantagebackgroundinterruptionNotfitfordetectingepistasis

121234567891011123456789101112123456789101112123456789101112F2ABLRILAnewmethodGainmoreattentionWidelyused

Advantage:IdenticalbackgroundFitfordetectingepistasisprovideoptimalstartingmaterialforthefine-mappingofthemappedlociandforgeneratingimprovedbreedinglines.DisadvantageDifficulttoconstruct