高通量的病原体微生物基因检测筛查方法与设计方案.pdfVIP

高通量的病原体微生物基因检测筛查方法与设计方案.pdf

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图片简介:

S1

本技术属于生物领域,尤其设计一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法。一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法,包括::设计探

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行生信分析,采用来计算病原体基因组序列每个位点的深度;与探针目标区域重叠的序列被视为目标序列;相反,则被视为非目标序

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列。本技术通过一次检测,可同时实现靶向病原体检测和宏基因组检测,既能提高靶向病原体的检测灵敏度,又能检测到未设计探针的病原

体,扩大了检测范围。

技术要求

1.

一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法,其特征在于,包括:

S1:设计探针;

S2:芯片合成;

S3DNARNA

:提取样品中的或;

S4:文库构建;

S5:文库目标区域杂交捕获和测序;

S6:采用高通量测序平台检测;

S7Samtools“”“

:进行生信分析,采用来计算病原体基因组序列每个位点的深度;与探针目标区域重叠的序列被视为目标序列;相反,则被视为非

目标序列。

2.1

根据权利要求所述的方法,其特征在于,选择目标病原体微生物作为筛查对象,运用生物信息学方法,选择该病原体基因组上的物种特异序

列,并以此区域设计探针序列。

3.11-100

根据权利要求所述的方法,其特征在于,每种微生物设计条探针,探针合成后,等摩尔体积混合,得到液相检测芯片。

4.1cfDNA

根据权利要求所述的方法,其特征在于,所述样品为血液样品,样品采集和分离后得到。

5.1S4

根据权利要求所述的方法,其特征在于,所述包括:

S41cfDNAQuantiFluorTM-ST(Promega)Agilent2100

:分别取进行定量和检测质量;

S42cfDNADNAcfDNA

:以作为样本,使用二代构建文库测序试剂盒分别制备基因组文库和文库。

6.5S42

根据权利要求所述的方法,其特征在于,所述依次包括以下步骤:

AA

末端补平、补平后纯化、加尾、加尾后纯化、加单分子标记接头、加接头后磁珠纯化、文库扩增、文库鉴定和文库纯化步骤。

7.1illumineX-Ten

根据权利要求所述的方法,其特征在于,所述高通量测序平台为。

8.1S7

根据权利要求所述的方法,其特征在于,所述包括:

S71:对下机数据进行数据分析,先进行数据拆分,

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