《泛肿瘤异质性血管细胞整合及鉴定指南》标准文本草案.docx

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泛肿瘤异质性血管细胞整合及鉴定指南

1范围

本文件给出了基于单细胞转录组测序数据整合与识别不同功能血管相关细胞的标准化数据处理方法，包括单细胞数据整合，污染因素去除，批次矫正以及细胞亚型鉴定方法等。

本文件适用于肿瘤微环境、血管生成及内皮细胞研究的科学家和研究人员使用。

本文件适合各级医院肿瘤科、病理科等相关科室临床医师以及从事临床教学、科研等工作者使用。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其必威体育精装版版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

Tumorvasculatureatsingle-cellresolution

Understandingtumourendothelialcellheterogeneityandfunctionfromsingle-cellomics

3术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。3.1

单细胞转录组测序single-cellRNAsequencing;scRNA-seq

单细胞转录组测序是一种测序技术，用于捕获和定量分析单个细胞的mRNA分子。这种技术允许研究人员在单细胞水平上研究基因表达，从而提供了对细胞间异质性、细胞发育轨迹和细胞间相互作用的深入理解。

3.2

内皮细胞endothelialcells；ECs

内皮细胞是覆盖血管内表面的一层扁平细胞，形成了血管壁的内衬。这些细胞在动脉、静脉、毛细血管以及淋巴管中均有分布，构成了血管内皮。

3.3

血管内皮细胞vascularendothelialcells；VECs

血管内皮细胞是位于血管内壁的内皮细胞，负责调节血管的通透性、血液流动以及血管的收缩和扩张。血管内皮细胞在维持血管完整性和功能中起关键作用，参与血管生成、炎症反应和血管舒张等过程。

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3.4

动脉内皮细胞arterialendothelialcells；ArtECs

动脉内皮细胞是指覆盖在动脉血管内壁的单层扁平细胞，属于内皮细胞的一种。它们在维持血管功能和结构的完整性方面发挥关键作用。

3.5

静脉内皮细胞venousendothelialcells；VenECs

静脉内皮细胞是覆盖在静脉血管内壁的单层扁平细胞，属于内皮细胞的一种。它们在调节血液回流、维持血管通透性和血管生物学功能方面起重要作用。

3.6

毛细血管内皮细胞capillaryendothelialcells；CapECs

毛细血管内皮细胞是指覆盖在毛细血管内壁的单层细胞。这些细胞在微循环系统中起关键作用，负责调节血液与组织之间的物质交换。

3.7

淋巴管内皮细胞lymphaticendothelialcells；LECs

淋巴管内皮细胞是覆盖在淋巴管内壁的细胞，属于内皮细胞的一种。它们在调节淋巴液流动、免疫监视和维持组织液平衡方面起重要作用。

3.8

壁细胞muralcell；MCs

壁细胞是一类存在于血管壁和微血管壁的支持细胞，包括平滑肌细胞和周细胞。它们在维持血管的结构完整性和功能稳定性方面起着关键作用。

3.9

周细胞pericytes；PCs

周细胞是一种位于毛细血管和小静脉周围的间质细胞，嵌入在内皮细胞基底膜内。它们的主要特征是具有突起状结构，可以延伸到血管壁上，与内皮细胞形成物理和功能上的联系。

3.10

平滑肌细胞smoothmusclecells；SMCs

平滑肌细胞是内脏器官中的关键细胞，负责调节管腔和空腔器官的收缩和舒张。它们的结构、功能和调节机制使其在维持内脏器官的正常功能中扮演着重要角色。

3.11

血管生成angiogenesis

血管生成是指从现有血管中生成新血管的生物学过程。这个过程在许多生理和病理情况下都非常重要，包括胚胎发育、伤口愈合、月经周期以及肿瘤生长和转移等。

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4泛肿瘤单细胞转录组数据收集与整理

为了使本标准更加全面与适用，前期收集了涵盖31种癌症类型的scRNA-seq数据，包括372名患者和437个样本。经过数据处理和细胞注释过程，本标准最终收录了183,977个血管细胞（见表1）。这些scRNA-seq数据主要涉及7种技术平台：10xGenomicsChromium、BDRhapsody、DropSeq、Microwell-seq、SeekOneDDChip、Seq-well和Singleron。对于可获得原始scRNA-seq数据集，我们量化了基因表达计数矩阵；否则，我们