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LAMMPS手册-中文解析【2】

一、简介

本部分大至介绍了LAMMPS的一些功效和缺点.

1．什么是LAMMPS?

LAMMPS是一个经典的分子动力学代码,他可以模仿液体中的粒子,固体和汽体的系

综.他可以采用不同的力场和边界前提来模仿全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体

系.LAMMPS可以盘算的体系小至几个粒子,大到上百万甚至是上亿个粒子.

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的盘算效力,但是

它是专门为并行盘算机设计的.他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算

,这个中当然包括散布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机.

LAMMPS是一可以修正和扩大的盘算程序,比如,可以加上一些新的力场,原子模子,

边界前提和诊断功效等.

平日意义上来讲,LAMMPS是依据不同的边界前提和初始前提对经由过程短程和长

程力互相感化的分子,原子和宏不雅粒子聚集对它们的牛顿活动方程进行积分.高效力盘

算的LAMMPS经由过程采用相邻清单来跟踪他们临近的粒子.这些清单是依据粒子间的

短程互拆力的大小进行优化过的,目标是防止局部粒子密渡过高.在并行机上,LAMMPS采

用的是空间分化技巧来分派模仿的区域,把全部模仿空间分成较小的三维小空间,个中每

一个小空间可以分派在一个处理器上.各个处理器之间互相通讯并且存储每一个小空间

边界上的”ghost”原子的信息.LAMMPS(并行情形)在模仿3维矩行盒子并且具有近均一密

度的体系时效力最高.

2．LAMMPS的功效

总体功效：

可以串行和并行盘算

散布式MPI策略

模仿空间的分化并行机制

开源

高移植性C++说话编写

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MPI和单处理器串行FFT的可选性（自界说）

可以便利的为之扩大上新特点和功效

只需一个输入剧本就可运行

有界说和应用变量和方程完整语律例则

在运行进程中轮回的掌握都有严厉的规矩

只要一个输入剧本试就可以同时实现一个或多个模仿义务

粒子和模仿的类型：

（atomstyle敕令）

原子

粗粒化粒子

全原子聚合物,有机分子,蛋白质,DNA

结合原子聚合物或有机分子

金属

粒子材料

粗粒化介不雅模子

延长球形与卵形粒子

点偶极粒子

刚性粒子

所有上面的杂化类型

力场：

（敕令：）

对互相感化势：L-J,Buckingham,Morse,Yukawa,soft,class2(COMPASS),tabulated.

带点对互相感化势：Coulombic,point-dipole.

多体感化势：EAM,Finnis/SinclairEAM,modifiedEAM(MEAM),Stillinger-Weber,

Tersoff,AIREBO,ReaxFF

粗粒化感化势：DPD,GayBerne,Resquared,Colloidal,DLVO

介不雅感化势：granular,Peridynamics

键势能：harmonic,FENE,Morse,nonlinear,class2,quartic

键角势能：harmonic,CHARMM,cosine,cosine/squared,class2(COMPASS)

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二面角势能：harmon