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山葡萄北冰红VvCOR413
I1基因克隆及生物信息学分析
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王学娟
摘要[目的]从山葡萄北冰红中克隆耐寒基因COR413,并对其功能进行生物信息学分析。[方法]利用RT-PCR法克隆山葡萄北冰红基因COR413,并利用生物信息学对其进行分析。[结果]它包括630bp完整的开放阅读框,推测编码210个氨基酸,蛋白的分子量(MW)为59.18kD,等电点(pI)值为10.74。其蛋白结构以α-螺旋、延伸链为主,其次为无规则卷曲,β-转角所占比例最少,含有4个跨膜结构域。多重序列比对表明VvCOR413-I1与其他植物COR413的氨基酸序列相似性为63.00%~68.33%。[结论]该研究为深入了解VvCOR413-I1功能奠定了基础。
关键词冷适应蛋白基因(COR413);山葡萄北冰红;克隆;生物信息学分析
S188
A0517-6611(2018)14-0109-04
CloningandBioinformaticAnalysisofVvCOR413-I1GenefromBeibinghongAmurGrape
WANGXuejuan(CollegeofLifeScience,InnerMongoliaUniversityforNationalities,Tongliao,InnerMongolia028000)
Abstract[Objective]ThecoldtolerantgeneCOR413wasclonedfromtheBeibinghongAmurgrape,anditsfunctionwasinferredthroughbioinformaticsanalysis.[Method]TheRTPCRmethodwasusedtocloneCOR413,acoldtolerantgenefromtheBeibinghongAmurgrape,anditsmolecularcharacteristicswereanalyzedbybioinformaticstoinferthefunctionofCOR413gene.[Result]TheORFofCOR413was630bpandthededucedaminoacidsequencewas230aminoacids.Furthermore,itsproteinhadaMWof59.18kDandanisoelectricpoint(pI)of10.74.Thestructureoftheproteinwasdominatedbyαhelixandelongationchain,followedbyrandomcoil,theproportionofβturnwasthesmallest,containing4transmembranedomains.MultiplesequencealignmentshowedthattheaminoacidsequencesimilarityofCOR413withotherplantswas63.00%to68.33%.[Conclusion]ThestudylaidthefoundationforanindepthunderstandingofVvCOR413I1function.
KeywordsColdregulatedgene(COR413);BeibinghongAmurgrape;Clone;Bioinformaticanalysis
溫度胁迫是重要的非生物胁迫因子之一,其对植物的生长发育、花期、果期等产生重要的影响。植物接受不利温度的逆境信号后,通过信号传导途径,调节细胞内胁迫蛋白的表达。冷适应蛋白(coldregulated,COR413)基因作为植物特有的一类低温胁迫响应功能基因,在抗寒过程中发挥重要作用。冷驯化拟南芥转录组研究表明,COR413基因受低温调控,被称为低温诱导基因[1-2]。在植物COR413基因中含有CRT元件,CRT元件与CBF相互结合后引起COR413的表达,但是CBF的调控受到ICE的调控,ICE是一种组成型表达的蛋白质,但是蛋白质的泛素化是通过磷酸化来进行识别和调控的[3-4]。植物耐寒COR413已在多种植物中被克隆出来,并进行了功能验证。植物耐寒分子机制是一个复杂的过程,由多个基因协同作用在耐寒信号通路以抵御冷害,但有报
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