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单克隆抗体固有的亲和性和局限的生物活性限制了它的应用范围。由于单克隆抗体不能进行沉淀和凝集反应，所以很多检测方法不能用单克隆抗体完成。
单克隆抗体的反应强度不如多克隆抗体。
制备技术复杂，而且费时费工，所以单克隆抗体的价格也较高。;
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