利用GEO在线数据库构建喉鳞状细胞癌的ceRNA调控网络.docx

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2024-09-23 发布于湖北
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利用GEO在线数据库构建喉鳞状细胞癌的ceRNA调控网络.docx

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利用GEO在线数据库构建喉鳞状细胞癌的ceRNA调控网络

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摘要目的：利用在线GEO数据库构建喉鳞状细胞癌的ceRNA调控网络，并且挖掘喉鳞状细胞癌的关键miRNAs。方法：利用GEO数据库中的GSE137308高通量测序数据，分析在喉鳞状细胞癌组织中表达异常的miRNA、lncRNA和mRNA（|logFC|1，p0.05）。根据ceRNA调控网络理论，构建喉鳞状细胞癌的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络，并使用Cytoscape软件可视化。根据miRNA在ceRNA调控网络中的节点数，挖掘喉鳞状细胞癌的关键miRNAs。结果：在喉鳞状细胞癌组织中，发现了1342个差异表达mRNA，其中上调926个，下调416个；25个差异表达的miRNA，其中上调15个，下调10个；989个差异表达的lncRNA，其中上调644个，下调345个。构建了喉鳞状细胞癌的ceRNA调控网络，发现了喉鳞状细胞癌的两个关键miRNAs（hsa-miR-1299、hsa-miR-6720-5p）。

关键词喉鳞状细胞癌；非编码RNA；ceRNA

AbstractObjective:ToconstructaceRNAregulatorynetworkoflaryngealsquamouscellcarcinomausingGEOdatabase,andtoexplorethekeymiRNAsoflaryngealsquamouscellcarcinoma.Methods:Thehigh-throughputsequencingdataofGSE137308intheGEOdatabasewereusedtoanalyzetheabnormalexpressionofmiRNA,lncRNAandmRNAinlaryngealsquamouscellcarcinoma(|logFC|1,p0.05).ThelncRNA-miRNA-mRNAregulatorynetworkoflaryngealsquamouscellcarcinomawasconstructedaccordingtotheceRNAregulatorynetworktheoryandvisualizedusingCytoscapesoftware.ThekeymiRNAsoflaryngealsquamouscellcarcinomaweredelineatedbasedonthenumberofnodesintheceRNAregulatorynetwork.Results:Inlaryngealsquamouscellcarcinoma,1342differentiallyexpressedmRNAswerefound,ofwhich926wereup-regulatedand416weredown-regulated;25differentiallyexpressedmiRNAswereup-regulatedby15anddown-regulatedby10;989differentiallyexpressedlncRNAs,ofwhichup-regulated644,down345.TheceRNAregulatorynetworkoflaryngealsquamouscellcarcinomawasconstructedandtwokeymiRNAsoflaryngealsquamouscellcarcinoma(hsa-miR-1299,hsa-miR-6720-5p)werefound.

Keywordslaryngealsquamouscellcarcinoma;non-codingRNA;ceRNA

头颈部鳞癌是全球第六大常见恶性肿瘤，其中喉癌是其最为常见的恶性肿瘤之一，仅次于口腔癌[1]。在喉癌中，喉鳞状细胞癌约占85%~90%[2]。喉鳞状细胞癌的发病诱因有很多，包括不良的生活习惯和人乳头瘤病毒感染等。尽管喉鳞状细胞癌发病早期可以通过手术或者辅助疗法进行治疗，但是其晚期患者的预后并没有得到十分显著的改善。据报道，晚期喉鳞状细胞癌的复发率在25%-50%之间[3]。因此，阐明喉鳞状细胞癌的发病分子机制是十分重要的。