《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总.pdf

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41.《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床

应用规范化专家共识》（2020）要点

建议1原则上，临床怀疑病原微生物感染，常规方法未得到明确病原

学证据而影响临床救治时，可利用

mNGS

进一步确认。鼓励临床在排除常见病原微生物后有目的选择mNGS。

申请单应填写临床表现、症状体征、治疗经过、现病史、流行病学史

及既往史等。测序实验室应让申请者知晓不同类型感染性疾病的标本

选择、采集时机、采集方式、送检量、转运及储存条件、不同

mNGS

检测策略的适用范围。疑为传染病应符合国家相关生物安全标本采集

及转运要求。申请者可提出重点关注的病原体，如呼吸道病毒、结核

分枝杆菌、真菌及寄生虫等。实验室应提供适宜临床使用的申请单，

内容应包括不同

mNGS

测序策略及对应的适应证。

（三）报告解读原则

1.mNGS结果分析：

2.mNGS结果确认：

3.mNGS阳性阈值及判读标准：

4.微生物种群致病：

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5.不可培养或难培养微生物的结果验证：

6.致病菌、定植菌和污染菌：

7.高度传染性微生物：

8.提高测序深度：

建议2mNGS

作为一种新型检测方法，其临床意义仍未超出核酸检测范畴，它补充

了传统病原微生物确认的

Koch法则。mNGS

可检测难培养、罕见或新发病原微生物，可同时给出多种病原微生物

信息，因此，在一份无菌部位来源的临床标本（尤其脓肿）中检出微

生物种群（包括不同类别或同类不同种属）不应轻易视为污染。如果

这些微生物的存在符合临床诊断，应给予抗菌药物全覆盖，这恰好体

现了该技术对全面认识病原微生物的优越性。mNGS

常规数据量对耐药和毒力基因检测有局限性，如需耐药和致病信息需

提高测序数据量。

建议3如果检出的病原微生物符合临床预期，应确认序列结果的准确

性和特异性。为提高结果的特异性，降低错误率，即使病原微生物也

应建立阳性阈值。阳性阈值建立在微生物特异序列数及其在基因组覆

盖度上。临床医生在解读条件致病菌时，应排除污染和背景微生物，

考虑患者免疫状态及与临床表现的符合性。mNGS

结果不能作为临床决策的唯一依据，结果阴性也需结合临床排除感染。

二、mNGS检测病原微生物的实验室要求

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（一）实验室分区及人员要求

1.基本原则：

2.单向工作流程：

3.污染防控：

4.实验室人员能力：

建议4微生物检测非靶向mNGS实验室至少应包括试剂准备区、样本

制备区、文库制备区及测序区。实验室工作流程应为单向。若实验室

设有缓冲间，缓冲间统一为正压或负压。若未设缓冲间，压力从试剂

准备区到测序区依次递减。DNA和RNA核酸提取分区域进行。若开

展靶向扩增NGS测序，应额外增加扩增区及电泳区。若同时开展遗

传及肿瘤NGS，核酸提取及建库过程不宜与之混用。报告签发人员应

具备临床医学、病原微生物或分子生物学背景，罕见病原微生物结果

解释可咨询相关领域专家。若配备有生物信息学分析人员，需掌握

mNGS微生物检测软件应用，具备数据信息维护和管理、开发新算法

及更新数据库的能力。

（二）检测平台

1.建立标本前处理及核酸提取方法：

2.测序平台的选择：

3.自动化测序平台：

（三）生物信息平台

生物信息学分析（也称“干实验”）是mNGS检测中的重要部分，是对

测序产生的原始数据进行处理和分析，包括但不限于数据质控、人源

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序列比对过滤、微生物物种检测等过程。

建议5实验室构建mNGS技术平台以拟开展的检测项目及科研工作为

依据，充分论证不同检测平台的适用性，包括生物信息平台。技术平

台的建设应包含标本处理、核酸提取、文库构建（DNA和RNA文库）、

高通量测序、核酸扩增、产物分析、数据分析等全流程。采用模拟样

本或临床已知病原体样本对所有技术环节进行验证，包括检测灵敏性、

测序通量、序列质量、读取准确率、支持读长、仪器性能验证、内部

质控、测序周期及生物学信息分析能力。比对数据库应满足各类微生

物检测需求。

三、mNGS微生物检测方法的建立

（一）标本前处理

（二）核酸提取

1.使用经性能确认的核酸提取试剂：

2.核酸质量验证：

3.核