2023重症社区获得性肺炎患者支气管肺泡灌洗液的宏基因组测序结果临床判读指导原则(全文).pdf

2023重症社区获得性肺炎患者支气管肺泡灌洗液的宏基因组测序结

果临床判读指导原则（全文）

重症社区获得性肺炎(severecommunity-acquiredpneumonia，

SCAP)患者病死率为25%~50%。病原学诊断是治疗SCAP的基石，

但仍有超过一半的患者无法通过常规检测得到病原学诊断。随着免疫

抑制人群增多及广谱抗感染药物的应用，各种非典型病原体感染及混

合感染越来越多，对病原学检测提出了更高的要求。

宏基因组测序(metagenomicnext-generationsequencing，mNGS)

已逐渐成为最有应用前景的病原学分子诊断技术之一，被广泛应用。

然而，mNGS结果如何判读这一问题日益突出。目前，mNGS的测序

及生物信息分析技术并无统一标准，不同人群的背景微生物特征亦有

显著差异，微生物自身特点也导致检出敏感度不同，因此，很难确定

阳性或阴性的标准阈值。常用来辅助判读的指标包括序列数、相对丰

度、覆盖度及测序深度等，其中序列数的表达算法又有不同，如严格

比对序列数、标准化序列数、每百万序列数、每千万序列数等。此外，

呼吸道微生物组成尤为复杂，不同呼吸道标本[咽拭子、痰、支气管肺

泡灌洗液(bronchoalveolarlavagefluid，BALF)、肺组织等]的微生

物组特征本就存在差异，受人源序列的影响也不尽相同，其mNGS检

测结果的价值和解读也会受到相应的影响。因此不能用单一、绝对的

标准来判断所有的mNGS结果，临床特征始终是核心要素，注重

mNGS结果与临床特征相结合的解读模式是本文的核心观点。综上，

本文不对mNGS的具体阈值进行定义，而强调遵循临床诊断思路，结

合临床特征(包括影像学及实验室检查)、宿主因素、流行病学史及治疗

经过，对mNGS结果进行临床判读，以确定所检出微生物是致病、定

植或污染。

基于SCAP的临床诊断思路，本原则将对细菌、病毒、真菌、非典型

病原体(包括军团菌、支原体、衣原体)及寄生虫分别进行阐述。本原则

适用于SCAP患者BALF的mNGS结果判读，旨在为临床实践提供参

考，不作为临床诊断标准。

参照文献资料及临床实践中微生物检出情况，表1列出了mNGS检测

SCAP患者BALF标本中的常见下呼吸道微生物，以供参考，并在下文

中分别进行具体阐述。

表1mNGS检测重症社区获得性肺炎患者肺泡灌洗液中的常见微生

物

微生物类别微生物名称说明

细菌

常见致病细菌肺炎链球菌、金黄色葡mNGS有较好的阴性预

萄球菌、肺炎克雷伯菌、测价值；mNGS检测阳

铜绿假单胞菌、流感嗜性时，亦有定植或污染

血杆菌、大肠埃希菌、可能

结核分枝杆菌、卡他莫

拉菌等

机会性致病细非结核分枝杆菌、诺卡结合宿主因素进行结果

菌菌、惠普尔养障体、放解读

线菌等

定植细菌普雷沃菌属、弯曲菌属、此类细菌一般不导致下

韦荣球菌属、葡萄球菌呼吸道感染，但存在经

属、奈瑟菌属、卟啉单误吸引起肺脓肿的可能