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不少做生物信息的同学会遇到这个问题,的geneid与genesymbol互换有什么简
洁方法吗?有没有批量的把GenBankAccession转变为EntrezGene的方法呢?有没有批量
的注释的通路的简洁方法呢?
Please不要着急!这里我就给大家看一个神奇的:Colne/GeneIDConverter
:
看着霸气的标题!万能的转换!
上步骤
1.假设我有一些geneid号,想知道他们是什么:
这里是主要的输入界面,我们选择EntrezGene,然后在框框中输入我们的geneid即可
注意:
图中红色的1和2是选择是否要输出到一个文件中,如果id的数目过多的话可以选择
输出到文件,不太多的话可以不用选择,直接在页面看。
图中的另外几个红色圈圈分别代表从不同的水平上的转换结果,不需要的可以不
用勾选。
!!!这里我们竟然看到了GO和KEGG通路、Reactome通路的选项!也就是说
这里可以很方便的获得的注释哦!!!
而且还有pubmed的选项!是不是特别神奇的工具呢?
2.查看结果
直接点击Convert按钮,如果没有勾选输出到文件的话就会看到上图的结果了。
每个结果可以直接到相关的数据库中,方便的查找。
3.注意:
在转换结束后,我们会发现有一小段提示信息:考研英文的时刻来了!
*ClickonthedifferentIDsformoreinformation.
*TheproteininformationdisplayedistheonecorrespondingtotheGeneNameshown.
*Onlyupto20CloneIdsorGenBankAccessionsarelisted,toseethefulllistgetyourresultsonaspreadsheet
fileorfollowthe(...)link.
*IfenteringUniGeneclusteridentifiers,keepinmindthatUniGeneretiresidentifiersquiteoften.Clickonthelink
ontheUniGenecolumntoknowthenewidentifiers.
4.结束
在页面的右下角藏着这么一个小角落:
这个应用只是人家ASTERIAS的一个小工具哦~
也就是说ASTERIAS还有其他更强大的功能!
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