软件工具超实用基因转换-agonyr.pdfVIP

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不少做生物信息的同学会遇到这个问题,的geneid与genesymbol互换有什么简

洁方法吗?有没有批量的把GenBankAccession转变为EntrezGene的方法呢?有没有批量

的注释的通路的简洁方法呢?

Please不要着急!这里我就给大家看一个神奇的:Colne/GeneIDConverter

看着霸气的标题!万能的转换!

上步骤

1.假设我有一些geneid号,想知道他们是什么:

这里是主要的输入界面,我们选择EntrezGene,然后在框框中输入我们的geneid即可

注意:

图中红色的1和2是选择是否要输出到一个文件中,如果id的数目过多的话可以选择

输出到文件,不太多的话可以不用选择,直接在页面看。

图中的另外几个红色圈圈分别代表从不同的水平上的转换结果,不需要的可以不

用勾选。

!!!这里我们竟然看到了GO和KEGG通路、Reactome通路的选项!也就是说

这里可以很方便的获得的注释哦!!!

而且还有pubmed的选项!是不是特别神奇的工具呢?

2.查看结果

直接点击Convert按钮,如果没有勾选输出到文件的话就会看到上图的结果了。

每个结果可以直接到相关的数据库中,方便的查找。

3.注意:

在转换结束后,我们会发现有一小段提示信息:考研英文的时刻来了!

*ClickonthedifferentIDsformoreinformation.

*TheproteininformationdisplayedistheonecorrespondingtotheGeneNameshown.

*Onlyupto20CloneIdsorGenBankAccessionsarelisted,toseethefulllistgetyourresultsonaspreadsheet

fileorfollowthe(...)link.

*IfenteringUniGeneclusteridentifiers,keepinmindthatUniGeneretiresidentifiersquiteoften.Clickonthelink

ontheUniGenecolumntoknowthenewidentifiers.

4.结束

在页面的右下角藏着这么一个小角落:

这个应用只是人家ASTERIAS的一个小工具哦~

也就是说ASTERIAS还有其他更强大的功能!

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