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#源代码#edgeR：数字表达谱分析的Bioconductor程序包
暗香疏影
随着新一代的蓬勃发展，转录组和数字表达谱标
志着表达研究进入了数字时代，如今它们已被广泛应用于科学
研究、医学研究和药物研究中。基本数据分析任务之一，特别是对
于表达研究，涉及到确定是否有表明一个转录本或外显子
的计数在跨实验条件下是显著差异的。edgeR是一个研究重复计数
数据差异表达的Bioconductor软件，该方法甚至能够用最小重复水
平使用，只要至少一个表型或实验条件是重复的。这里将来介绍一
下利用edgeR包进行显著差异性的比较。
准备输入文件：输入文件的格式为普通的表达值形式，如下。
分析代码如下：
安装该包
source()
biocLite(edgeR)
setwd(e://)
library(edgeR)
raw.data-read.delim(e:/sample.txt)#读入表达值文件
d-raw.data[,2:5]#指定表达值所在的列
rownames(d)-raw.data[,1]#指定第一列为名称
group-c(rep(control,2),rep(case,2))#指定分组以及组中的重
复个数
d-DGEList(counts=d,group=group)#对之前指定的量进行计算
A-estimateCommonDisp(d)
-exactTest(A)#精确显著性的检验
write.table($table,e:/result.txt,sep=\t)#输出结果
结果：结果中包含logFC和pvalue
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