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ADMIXTURE:
BeforerunningtheADMIXTUREanalysis,itisusuallyapracticetotrimthenumber
ofmarkers:
Usetheplinktotrimthemarkers:
./plink--bfilerawData--indep-pairwise2002.50.4
[accordingtotherecommendationofPruferetal(2014)(Nature,Supplmaterial)]
-Thismeans–employingawindowof200SNPs,advancedby25SNPsandanr2
thresholdof0.4.
11:25:03@biocomp4:admixture_linux-1.23$forKin{2..15}
do
eval./admixture--cv=5
/picb/humpopg5/BPHoh_pop5/world/world.PML.SNI.NGO.ped$K-j8
out.K$K.log
done
repeattheanalysisfor10replicates(replicationvariesaccordingtopreference)
itisrecommendedtokeepeachreplicatesinadifferentfolder.
Runreplicatesviaserver
18:36:07@biocomp3:world$mkdiradmixture
18:36:11@biocomp3:world$cdadmixture
18:36:13@biocomp3:admixture$ls
18:36:13@biocomp3:admixture$mkdirrep{1..10}
18:36:19@biocomp3:admixture$cat../admixture.NoYRI/rep1/r1.K4.sh
/picb/humpopg7/BPHoh/admixture_linux-1.23/admixture--cv=5
/picb/humpopg5/BPHoh_pop5/world/world.PML.SNI.NGO.ped4-j8--
seed=21085out.K4.log
18:36:27@biocomp3:admixture$cdrep1
18:36:43@biocomp3:rep1$ls
18:36:44@biocomp3:rep1$forKin{2..15}
do
18:36:53@biocomp3:rep1$r=1;forKin{2..15}
do
echo/picb/humpopg7/BPHoh/admixture_linux-1.23/admixture--cv=5
/picb/humpopg5/BPHoh_pop5/world/JPT.CHD.CHB.CEU.YRI.PML.SNI.NGO.pe
d$K-j8--seed=$RANDOMout.K$K.logr$r.K$K.sh
done
18:38:45@biocomp3:rep1$forrin{1..10};docd../rep$r/;forKin{2..15};do
echo/picb/humpopg7/BPHoh/admixture_linux-1.23/admixture--cv=5
/picb/humpopg5/BPHoh_pop5/world/JPT.CHD.CHB.CEU.YRI.PML.SNI.NGO.pe
d$K-j8--seed=$RANDOMout.K$K.logr$r.K$K.sh;done;done
18:39:16@biocomp3:rep10$ls
ADMIXTURE：
在运行ADMIXTURE分析之前，通常的做法是修剪标记的数量：
使用plink修剪标记：
plink-bfilerawData-indep-pairwise2002.50.4
根据
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