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细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、潜在新菌的确定

拿到拼接好的16SrRNAgene序列后，进入NCBIblastN()或

EzTaxonserver2.1()进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%

之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以

下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参

考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与

新种所在属相近的属的typespecies作为参考菌株，4）需要选择一个远源的

菌株作为参考菌株，如：E.coli。

3、购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机

构购买标准菌株。具体信息可以在上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1)如果要用到不同的属但不是用这些属

的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。2)一

个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定

要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重

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新分类。总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就

涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。

4、表型特征实验

培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、

光泽、水溶性色素等)。

细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，

大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。

特殊的细胞结构：鞭毛(着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨

大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它(荚膜、细胞附属物为柄、

丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。

超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。

细胞内含物：异染颗粒、聚β-羟基丁酸等类脂颗粒、硫粒、气泡、伴胞晶体

等。

染色反应：革兰氏染色、抗酸性染色。

运动性：鞭毛泳动、滑行、螺旋体运动方式，注意区别鞭毛泳动和滑动。

生长特征：生长温度、pH、盐耐受性范围。

5、生理生化试验

营养类型：光能自养、光能异养、化能自养、化能异养及兼性营养型；

对氮源的利用能力：对蛋白质、蛋白胨、氨基酸、含氮无机盐、N等的利用；

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对碳源的利用能力：对各种单糖、双糖、多糖以及醇类、有机酸等的利用；

对生长因子的需要：对特殊维生素、氨基酸等的依赖性；

需氧性：好氧、微好氧、厌氧、兼性厌氧；

对温度及pH的适应性：最适、最低及最高生长温度及致死温度；

对渗透压的适应性：对盐浓度的耐受性或嗜盐性；

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对抗生素及抑菌剂的敏感性：对抗生素、氰化钾(钠)、胆汁、弧菌抑制剂或

某些染料的敏感性；

代谢产物：各种特征性代谢产物；

与宿主的关系：共生、寄生、致病性等。

6、化学分类特征

目前经常使用的特异性细胞化学特性包括：细胞壁化学组分、枝菌酸、脂