- 1、本文档共94页,可阅读全部内容。
- 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
- 6、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
2017第五章多序列比较的实际应用;多序列比较的实际应用;目前对多序列比较的研究还在不断前进中,现有的大多数算法都基于渐进比较的思想,在序列两两比较的基础上逐步优化多序列比较的结果。进行多序列比较后可以对比较结果进行进一步处理,尤其是在寻找基因和致力于发现新蛋白的努力中,人们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比较。;在搜集的比较序列中,可以看出隐含于蛋白之中的物种进化关系,以便于更好地理解蛋白的进化。研究一个家族中的相关蛋白的差异,分析进化压力和生物秩序对于功能相关的蛋白进化影响。研究完多序列比较中的高度保守区域,我们可以对蛋白质的整个结构进行预测,并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性。
;分析一群相关蛋白质时,很有必要了解比较正确的构成。发展用于多序列比较的程序是一个很有活力的研究领域,绝大多数方法都是基于渐进比较(progressivealignment)的概念。渐进比较的思想依赖于使用者用作比较的序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。
;与数据库检索的关系;CLUSTAL
主讲教师:赵雨杰;1.CLUSTALOmega;这个辅助树,加权后可以证实极相近的序列,然后以双重比较极相近的序列开始,为组建比较提供基础,重新比较下一个加入的比较序列,依次类推。如果加入的序列较多,那么毫无疑问,必须加入空位以适应序列的差异,但是加入空位必须接受空位开放罚分和空位扩展罚分。
;在绝大多数情况下,使用者不会在比较时加入结构信息,但是空位开放补偿利用了可以出现在α-螺旋或β-折叠末端的特殊残基以及空位罚分所偏好的残基。已经存在的空位的扩展原则很简单,只是要在那些极有可能在结构中形成弯曲的位点扩展空位,这些空位扩展罚分计算是由位置决定的。
;为了介绍CLUSTAL的使用,考察一下从四种不同物种来源的matrixmetalloproteinase9preproprotein蛋白(Homosapiens,Paralichthysolivaceus,Rattusnorvegicus,Bostaurus)。将下列蛋白序列放入一个独立的纯文本文件中。
;giref|XP_029934.1|matrixmetalloproteinase9preproprotein[Homosapiens]
MSLWQPLVLVLLVLGCCFAAPRQRQSTLVLFPGDLRTNLTDRQLAEEYLYRYGYTRVAEMRGESKSLGPALLLLQKQLSLPETGELDSATLKAMRTPRCGVPDLGRFQTFEGDLKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYSRDADIVIQFGVAEHGDGYPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGVVVPTRFGNADGAACHFPFIFEGRSYSACTTDGRSDGLPWCSTTANYDTDDRFGFCPSERLYTQDGNADGKPCQFPFIFQGQSYSACTTDGRSDGYRWCATTANYDRDKLFGFCPTRADSTVMGGNSAGELCVFPFTFLGKEYSTCTSEGRGDGRLWCATTSNFDSDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYRFTEGPPLHKDDVNGIRHLYGPRPEPEPRPPTTTTPQPTAPPTVCPTGPPTVHPSERPTAGPTGPPSAGPTGPPTAGPSTATTVPLSPVDDACNVNIFDAIAEIGNQLYLFKDGKYWRFSEGRGSRPQGPFLIADKWPALPRKLDSVFEERLSKKLFFFSGRQVWVYTGASVLGPRRLDKLGLGADVAQVTGALRSGRGKMLLFSGRRLWRFDVKAQMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDVFQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNQVDQVGYVTYDILQCPED
gidbj|BAB68366.1|gelatinase[Paralichthysolivaceus]
MRCCALAVCLVLVIVQDGWSLPLRSISVTFPGDILKNVTDTDLAETYLKRFGYLDKMHRSGFQSMVSTAKALKMMQRQMGLKETGKLDKSTLEAMKQPRCGVPDVANYQTFEGDLKWDHNDVTYRTLNYSPDMESSLIDDAFARAFKVWSDVTPLTFTRLYEGTADIMISFGKADHGDPYPFDGRNGLLAHAYPPGEGVQGDAHFDDDEHWTLGNGPAVKTLYGN
您可能关注的文档
- 第二节-以种植业为主的农业地域类型资料讲解.ppt
- 第5章-有色金属.复习进程.ppt
- 第4讲--顺序结构和常用语句.只是课件.ppt
- 2019-2020学年江苏南京鼓楼区五年级下册语文期末试卷及答案.pdf
- 2019-2020学年广东省广州市海珠区部编版小学三年级下册语文期末试题及答案.pdf
- 2019年山东潍坊市事业单位招聘真题及答案解析.pdf
- 2020-2021学年江苏省徐州市沛县译林版三年级下册期末测试英语试卷及答案.pdf
- 2019年天津公务员行测考试真题及答案.pdf
- 2021年浙江湖州中考道德与法治真题及答案.pdf
- 2019-2020学年广东省广州市天河区部编版小学三年级下册语文期末试题及答案.pdf
- 2021-2022学年湖南省常德市安乡县四年级上学期期中语文真题及答案.pdf
- 2023-2024学年河南省南阳市社旗县四年级上学期期中数学真题及答案.pdf
- 2022-2023学年云南省曲靖市四年级下学期期末数学真题及答案.pdf
- 2021-2022学年河南省周口市鹿邑县二年级下册月考语文真题及答案.pdf
- 2018年河南焦作解放区教师招聘考试真题及答案.pdf
- 2019年江西公务员行测考试真题及答案-乡镇.pdf
- 2019中国石油报社应届高校毕业生招聘试题及答案解析.pdf
- 光大银行招聘应届毕业生能力素质测试笔试真题及答案.pdf
- 2024年广西百色教师招聘考试模拟题及答案.pdf
- 2021-2022学年浙江绍兴诸暨市五年级上册语文期末试卷及答案.pdf
最近下载
- 益电通TD80变频器调试参数设置资料2.1.pdf
- 《孕产妇健康管理》课件.pptx VIP
- 金融科技创新的成功案例与市场反馈剖析实例分享与评估培训.pptx
- 古代文学参考答案完整版.pdf VIP
- 2022-2023学年广东省惠州市大亚湾区九年级(上)期末物理试卷(含解析).doc VIP
- 5.1+走近老师+课件-2024-2025学年统编版道德与法治七年级上册 (1).pptx VIP
- 粤沪版八年级物理上册:3.3“探究平面镜成像特点”过关检测练习题.docx VIP
- 安全教育认识投资理财诈骗.pptx
- 新课标人教版小学数学六年级下册全册教学反思推荐.doc
- 警惕虚假虚拟货币投资诈骗.pptx
文档评论(0)