一步一步教你使用-NCBI-查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设.pdfVIP

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一步一步教你使用NCBI查找DNA、

mRNA、cDNA、Protein、promoter、引

物设计、BLAST序列比对等

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用

BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我

自

己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己

的使

用心得，让我们共同进步！

我分以下几个部分说一下NCBI的使用：

Partone如何查找基因序列、mRNA、Promoter

Parttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列

Partthree运用STS查找已经公布的引物序列

Partfour如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性

特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！

从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以与想给我

投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！

请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高

的战友给予补充

Firstofall，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Mapviewer查找基因序列、mRNA

序列、

启动子（Promoter）

下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤

1．打开Mapviewer页面，网址为：

在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：

..

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2．点击“GO”出现如下页面：

3．在步骤二图示的右下角有一个QuickFilter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene

前面的小方框里打勾，然后点击Filter.出现下图：

..

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说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了

三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管

你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序

列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的

一个序列。我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的）对应的，出现新的页面，

页面下方为：

..

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5．点击上图出现的Download/ViewSequence/Evidence“”，即下载查看序列等功能，

结果如图所示：

先对上面这张图做点简要的说明，在SequenceFormat（序列输出格式）后面是一个下

拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择

GenBnak

格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。

6．在SequenceFormat后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关

信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：

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