动物遗传学：第十四章 免疫遗传学基础.ppt

（四）线粒体DNA标记线粒体基因组具有的独特优点：线粒体DNA分子小、拷贝数高;结构和组织简单而高度保守;母系遗传，缺乏重组;DNA突变率高.（五）单核苷酸多态性标记(SNP)singlenucleotidepolymorphism是指染色体上的某个存在单个碱基的变化，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等。SNPsinhumanpopulationInter-genicregionsCodingregionsEvery1400bpEvery1430bp

SNP与RFLP、STR等标记不同之处在于不以“长度”差别为检测手段，而是直接以序列的变异作为标记。基因组DNA某一特定的核苷酸位置上，可能发生单个碱基的变化，如转换、颠换等，使得群体中基因组的某些位点上存在差异。SNP就是指基因组内特定的核苷酸位置上存在两种以上不同的核苷酸，其中最少一种在群体中的出现频率不少于1%（低于1%则视为突变）。?（五）单核苷酸多态性标记（singlenucleotidepolymorphism,SNP）SNP是出现频率最高的标记，人类基因组中平均每1000bp中就有1个SNP，总数可达300万个。位于基因表达序列内的SNP可能会影响蛋白质的结构和表达水平，对分析基因与性状的关系有重要意义。SNP是单碱基突变，任何用于单碱基突变的技术都可用于SNP检测，如RFLP、DNA序列分析、单链构象多态性（SSCP）等。最先进的是微数列矩阵DNA芯片（DNAchip）技术。?SNP标记的特点⑴高密度SNP是基因组中最普遍、频率最高的遗传标记。单个SNP虽然只有两个等位基因，多态信息含量不如微卫星位点，但其高密度弥补了其不足。⑵代表性某些位于基因表达序列内的SNP(codingSNP,cSNP)，有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，鉴别cSNP对于复杂表型性状与基因变异之间的关联分析具有重要意义。⑶易实现自动化分析双等位标记，检测时只需“有或无”表示。DNA芯片技术实验了SNP分析的高通量、微型化和自动化。SSCP单链构象多态性：SSCP(SingleStrandConformationpolymorphism)：指等长的单链DNA因核苷酸序列的差异而产生的构象变异，在非变性聚丙烯酰胺中表现为电泳迁移率的差别。鸡IGFBP2基因的PCR-SSCP分析图AGAAAGCATGCATGCATGPRLR3PRLR6atacttctttccaagaggaagtggatacttctttccaaggggaagtgg5’-UTRgaattaaa…tctccgcccgaatcaaa…tctccacccLeu340Ser基因芯片基因芯片(genechip)：是指采用原位合成或显微打印手段，将数以万计的DNA探针固化于支持物表面上，产生二维DNA探针阵列，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号来实现对生物样品快速、并行、高效地检测或医学诊断，由于常用硅芯片作为固相支持物，且在制备过程运用了计算机芯片的制备技术，所以称之为基因芯片技术。基因芯片的应用（1）基因表达分析；（2）测序；（3）寻找变异、多态性（SNP）；（4）药物筛选；（5）基因诊断分子遗传标记的特点无表型效应；不受环境的限制和影响；普遍存在于所有生物；数量丰富；遗传多态性高；检测方法简单快捷；遗传共显性，能分离出等位基因的三种基因型。5、理想的分子遗传标记应具备的特点遗传多态性高;检测手段简单快捷，易于实现自动化;遗传共显性，即在分离群中能够分离出等位基因的3种基因型。标记遍布整个基因组；准确性，能正确反映动物的真实遗传，即标记是经济性状基因，还是与影响重要性的性状连锁。实验重复性好（便于数据交换）；开发成本和使用成本尽量低廉。二、分子遗传标记的应用○个体及亲缘关系的鉴定DNA指纹○遗传资源的评估、监测、保护和利用○基因定位和遗传图谱的构建○标记辅助选择图14-1RFLP示意图限制性片段的制备电泳Southern印迹与放射性探针杂交放射性自显影图14-2RFLP检测RFLP标记特点A无表型效应，RFLP标记的检测不受环境条件和发育阶段的影响。BRFLP标记在等位基因之间是共显性的，因此在配制杂交组合时