视黄酸诱导的小鼠神经管畸形基因表达趋势分析.pdfVIP

上海交通大学学报（医学版）

Vol.44No.7Jul.2024859

JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(MEDICALSCIENCE)

论著·基础研究

视黄酸诱导的小鼠神经管畸形基因表达趋势分析

1，23333，4

曹睿，卫凯鑫，张晓娜，刘雨榕，张丽

1.山西医科大学出生缺陷与细胞再生山西省重点实验室，太原030001；2.山西医科大学转化医学研究中心，太原030001；

3.山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系，太原030001；4.山西医科大学第一医院肝胆胰外科及肝移植中心，

太原030001

［摘要］目的·探究小鼠胚胎在视黄酸（retinoicacid，RA）诱导下产生神经管畸形的分子调控机制，揭示小鼠神经管闭合

阶段基因表达规律。方法·基于已获得的小鼠胚胎神经管闭合关键期［胚胎发育第8.5日（embryonicday8.5，E8.5）、

E9.5、E10.5］高质量脑泡转录组数据，利用短时间序列表达挖掘器（ShortTime-seriesExpressionMiner，STEM）软件分别

得到RA处理组和正常组在3个时间点的基因表达趋势数据。对处理组与正常组基因表达趋势不一致的基因进行基因本体

（GeneOntology，GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，KEGG）富集

分析，并随机筛选候选基因以验证测序数据可靠性。利用RA诱导构建神经管畸形小鼠模型，分为处理组和正常组，每组

各9只。处理组和正常组孕鼠在E7.5分别接受28mg/kgRA和香油灌胃处理，在E8.5、E9.5、E10.5收集胎鼠脑泡组织，对

筛选的候选基因进行实时荧光定量PCR（quantitativereal-timePCR，RT-qPCR）验证。结果·正常组共检测出18255个基

因的表达量数据，处理组共检测出19037个基因的表达量数据；正常组基因可归纳至7个具有显著意义的表达模式中，处

理组基因可归纳至6个具有显著意义的表达模式中；正常组和处理组检测到表达的基因数目足够、表达的模式相似，具有

可比性。进一步分析发现正常组中呈现上升表达趋势但在处理组中呈现下降表达趋势的基因共有46个，在生物学过程层面

富集在器官发育、神经元凋亡的正负调控、少突胶质细胞增殖、成纤维生长因子信号通路等；在细胞组分层面，主要参与

组成细胞、神经元的基本结构；在分子功能层面，主要与成纤维细胞生长因子受体结合有关。正常组中呈现下降表达趋势

而在处理组中呈现上升表达趋势的61个基因，在生物学过程层面富集在细胞溶解、氨基酸/离子转运等功能上；在细胞组

分层面，富集在胞内分子、皮质颗粒、胞外区域、细胞间隙等；在分子功能层面，与一系列酶及转运蛋白的活性有关。

RT-qPCR验证结果显示转录组测序数据真实可靠。结论·RA干预使小鼠胚胎发育过程中发生基因表达失调和应激反应，

导致胚胎发育异常，机体自我保护相关信号通路激活，维持胚胎正常发育的基因受到抑制。

［关键词］视黄酸；神经管畸形；基因表达；趋势分析

［DOI］10.3969/j.issn.1674-8115.2024.07.007［中图分类号］R322.81［文献标志码］A

Trendanalysisofdifferentiallyexpress