细菌分类与鉴定 (2).ppt

2.核酸的分子杂交不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然。直接分析比较DNA的碱基排列顺序------由于技术上的困难目前尚难以普遍地进行；核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性第28页,共35页，星期六，2024年，5月3.生物信息学分析随着微生物基因信息，特别是全基因组完全测序的不断增加，我们可以通过各种计算机软件对不同物种的遗传信息进行直接比较，从而分析不同微生物间的亲缘关系。第29页,共35页，星期六，2024年，5月4、16SrRNA和系统发育树(1).16SrRNA的顺序和进化培养微生物提取、纯化细菌基因组设计引物PCR扩增16SrRNA分析比较微生物之间的系统发育关系第30页,共35页，星期六，2024年，5月(2).特征序列或序列印记（signaturesequence）通过对rRNA全序列资料的分析比较（特别是采用计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单碱基印记。特征序列有助于迅速确定某种微生物的分类归属，或建立新的分类单位。第31页,共35页，星期六，2024年，5月(3)系统发育树(phylogenetictree)通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系。第32页,共35页，星期六，2024年，5月16SrRNA系统发育树第33页,共35页，星期六，2024年，5月建立16SrRNA系统发育树的意义a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群；c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据；d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的分类理论；e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。第34页,共35页，星期六，2024年，5月感谢大家观看第35页,共35页，星期六，2024年，5月**关于细菌分类与鉴定(2)地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。第2页,共35页，星期六，2024年，5月生物分类的二种基本原则：a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标。b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统发育的分类系统。从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则生物系统学(systematics)第3页,共35页，星期六，2024年，5月一、分类单元及其等级界（Kingdom）(Regnum)门（Phylum）(Phylum)纲（Class）(Classis)目（Order）(Ordo)科（Family）(Familia)属（Genus）(Genus)种（Species）(Species)第4页,共35页，星期六，2024年，5月常用的细菌分类学术语：1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不同来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性状可稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。第5页,共35页，星期六，2024年，5月3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。菌株与型的区别：菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。4）种（species）：物种，生物分类中基本的分类单元第6页,共35页，星期六，2024年，5月二、细菌的命名细菌的命名依据“国际细菌命名法规”的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法