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《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总--第1页
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41.《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床
应用规范化专家共识》（2020）要点
建议1原则上，临床怀疑病原微生物感染，常规方法未得到明确病原
学证据而影响临床救治时，可利用
mNGS
进一步确认。鼓励临床在排除常见病原微生物后有目的选择mNGS。
申请单应填写临床表现、症状体征、治疗经过、现病史、流行病学史
及既往史等。测序实验室应让申请者知晓不同类型感染性疾病的标本
选择、采集时机、采集方式、送检量、转运及储存条件、不同
mNGS
检测策略的适用范围。疑为传染病应符合国家相关生物安全标本采集
及转运要求。申请者可提出重点关注的病原体，如呼吸道病毒、结核
分枝杆菌、真菌及寄生虫等。实验室应提供适宜临床使用的申请单，
内容应包括不同
mNGS
测序策略及对应的适应证。
（三）报告解读原则
1.mNGS结果分析：
2.mNGS结果确认：
3.mNGS阳性阈值及判读标准：
4.微生物种群致病：
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总--第1页
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总--第2页
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5.不可培养或难培养微生物的结果验证：
6.致病菌、定植菌和污染菌：
7.高度传染性微生物：
8.提高测序深度：
建议2mNGS
作为一种新型检测方法，其临床意义仍未超出核酸检测范畴，它补充
了传统病原微生物确认的
Koch法则。mNGS
可检测难培养、罕见或新发病原微生物，可同时给出多种病原微生物
信息，因此，在一份无菌部位来源的临床标本（尤其脓肿）中检出微
生物种群（包括不同类别或同类不同种属）不应轻易视为污染。如果
这些微生物的存在符合临床诊断，应给予抗菌药物全覆盖，这恰好体
现了该技术对全面认识病原微生物的优越性。mNGS
常规数据量对耐药和毒力基因检测有局限性，如需耐药和致病信息需
提高测序数据量。
建议3如果检出的病原微生物符合临床预期，应确认序列结果的准确
性和特异性。为提高结果的特异性，降低错误率，即使病原微生物也
应建立阳性阈值。阳性阈值建立在微生物特异序列数及其在基因组覆
盖度上。临床医生在解读条件致病菌时，应排除污染和背景微生物，
考虑患者免疫状态及与临床表现的符合性。mNGS
结果不能作为临床决策的唯一依据，结果阴性也需结合临床排除感染。
二、mNGS检测病原微生物的实验室要求
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总--第2页
《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识》(2020)要点汇总--第3页
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（一）实验室分区及人员要求
1.基本原则：
2.单向工作流程：
3.污染防控：
4.实验室人员能力：
建议4微生物检测非靶向mNGS实验室至少应包括试剂准备区、样本
制备区、文库制备区及测序区。实验室工作流程应为单向。若实验室
设有缓冲间，缓冲间统一为正压或负压。若未设缓冲间，压力从试剂
准备区到测序区依次递减。DNA和RNA核酸提取分区域进行。若开
展靶向扩增NGS测序，应额外增加扩增区及电泳区。若同时开展遗
传及肿瘤NGS，核酸提
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