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生物信息学

实验三

1．了解什么是BLAST，它有哪些应用。

BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中

进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库

中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

2．请在NCBI中查找你感兴趣的某一基因或蛋白，通过BLAST工具检索与其高度相似的序列，

并将你查到的这一基因或蛋白与你检索到的与其相似的序列（其中一条）的比对结果列出来，

简单说明序列比对评分和检索过程。

HomosapienscoagulationfactorVIII,procoagulantcomponent

(F8),transcriptvariant1,mRNALength=9048

Score=398bits(212),Expect=1e-108

Identities=214/215(99%),Gaps=0/215(0%)

Strand=Plus/Plus

Query15GGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATGATAAAGTCTTCCCT74

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Sbjct559GGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATGATAAAGTCTTCCCT618

Query75GGTGGAAGCCATACATATGTCAGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTCCAATGGCCTCTGAC134

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Sbjct619GGTGGAAGCCATACATATGTCTGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTCCAATGGCCTCTGAC678

Query135CCACTGTGCCTTACCTACTCATATCTTTCTCATGTGGACCTGGTAAAAGACTTGAATTCA194

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Sbjct679CCACTGTGCCTTACCTACTCATATCTTTCTCATGTGGACCTGGTAAAAGACTTGAATTCA738

Query195GGCCTCATTGGAGCCCTACTAGTATGTAGAGAAGG229

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Sbjct739GGCCTCATTGGAGCCCTACTAGTATGTAGAGAAGG773

HomosapienschromosomeXgenomiccontig,GRCh37.p5PrimaryAssembly

Length=6178498

Score=451bits(240),Expect=2e-124

Identities=242/243(99%),Gaps=0/243(0%)

Strand=Plus/Minus

Query1TTCTTCCTGCTATAGGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATG60

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Sbjct5139376TTCTTCCTGCTATAGGAGCTGAATATGATGATCAGACCAGTCAAAGGGAGAAAGAAGATG5139317

Query61ATAAAGTCTTCCCTGGTGGAAGCCATACATATGTCAGGCAGGTCCTGAAAGAGAATGGTC120

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