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LIGGGHTS基本操作与命令
在上一节中,我们已经介绍了LIGGGHTS的基本概念和安装方法。在这一节中,我们将详细探讨LIGGGHTS的基本操作与命令,帮助用户熟悉如何在LIGGGHTS中进行材料模拟的基本流程。
1.LIGGGHTS的启动与基本设置
1.1启动LIGGGHTS
LIGGGHTS可以通过命令行启动。在命令行中输入以下命令即可启动LIGGGHTS:
lmp_mpi-ininput_script.liggghts
其中,lmp_mpi是LIGGGHTS的可执行文件,input_script.liggghts是输入脚本文件,包含模拟的具体设置和命令。
1.2基本设置
LIGGGHTS的输入脚本文件通常是文本文件,包含了一系列命令,用于定义模拟的参数和流程。以下是一个基本的输入脚本示例:
#LIGGGHTSinputscriptexample
unitslj
dimension3
boundaryppp
atom_stylegranular
#Definethesimulationbox
regionboxblock-1010-1010-1010
create_box1box
#Addatomstothesimulationbox
latticefcc1.0
create_atoms1regionbox
#Definetheinteractionpotential
pair_styledpd/tstat1.03.02.0
pair_coeff111.03.02.0
#Definetheneighborlist
neighbor0.3bin
neigh_modifyevery1delay0checkyes
#Definethetimestepandrunthesimulation
timestep0.005
run10000
1.3命令解释
unitslj:设置单位制为Lennard-Jones单位制。
dimension3:定义模拟为三维。
boundaryppp:设置模拟箱的周期性边界条件。
atom_stylegranular:定义原子风格为颗粒。
regionboxblock-1010-1010-1010:定义一个立方体模拟区域,范围从-10到10。
create_box1box:创建一个包含1种原子类型的模拟箱。
latticefcc1.0:定义一个面心立方晶格,晶格常数为1.0。
create_atoms1regionbox:在定义的模拟区域内创建1种原子类型的原子。
pair_styledpd/tstat1.03.02.0:定义DissipativeParticleDynamics(DPD)势能,参数分别为截断距离、温度和摩擦系数。
pair_coeff111.03.02.0:设置原子类型1之间的相互作用参数。
neighbor0.3bin:定义邻居列表的参数,使用bin方法,截断距离为0.3。
neigh_modifyevery1delay0checkyes:设置邻居列表的更新频率、延迟和检查选项。
timestep0.005:设置时间步长为0.005。
run10000:运行10000步的模拟。
2.模拟区域的定义
2.1区域命令
region命令用于定义模拟区域的几何形状。LIGGGHTS支持多种几何形状,包括块、圆柱、球体等。以下是一些常见的区域定义命令:
块(block):
regionboxblock-1010-1010-1010
圆柱(cylinder):
regioncylindercylinder00-1000105
球体(sphere):
regionspheresphere0005
2.2创建模拟箱
create_box命令用于创建模拟箱。它可以接受以下参数:
原子类型数:定义模拟中包含的原子类型数。
区域名:定义模拟区域的名称。
示例:
create_box2box
这个命令创建了一个包含2种原子类型的模拟箱,区域名为box。
2.3创建原子
create_atoms命令用于在指定区域内创建原子。它可以接受以下参数:
原子类型:定义要创建的原子类型。
区域名:定义要在哪个区域内创建原子。
示例:
create_atoms1regionbox
这个命令在区域box内创建了原子类型为1的原子。
3.力场的定
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