DB43T 3045-2024地方猪品种纯度基因组鉴定技术规程.docx

ICS65.020.30CCSB43

43

湖南省地方标准

DB43/T3045—2024

地方猪品种纯度基因组鉴定技术规程

Technicalcodeforgenomicidentificationofbreedpurityinlocalpigs

2024-08-30发布2024-11-30实施

湖南省市场监督管理局发布

目次

前言 II

1范围 1

2规范性引用文件 1

3术语和定义 1

4操作步骤要求 1

4.1基因型检测 1

4.2SNP面板构建 1

4.3SNP面板与统计模型组合选择 2

4.4个体GBC值计算 2

4.5纯种个体判定 2

5档案管理 2

附录A（资料性）个体GBC值计算公式 3

A.1混合模型 3

A.2线性回归模型 3

A.3通径分析模型 3

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定

起草。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由湖南省农业农村厅提出。

本文件由湖南省农业标准化技术委员会归口。

本文件起草单位：湖南农业大学、湖南楚沩香农牧股份有限公司、安徽农业大学、宁乡市农业农村局。

本文件主要起草人：张跃博、何俊、杨芳、高宁、李智、曾青华、丁小玲、刘娟、唐志强、戴文静、陆鹏。

地方猪品种纯度基因组鉴定技术规程

1范围

本文件规定了地方猪品种纯度基因组鉴定技术操作步骤要求和档案管理。本文件适用于湖南地方猪品种纯度鉴定，其他畜禽品种也可参照使用。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其必威体育精装版版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

NY/T1673畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程DB43/T3044猪基因组选择育种技术规程

3术语和定义

NY/T1673界定的以及下列术语和定义适用于本文件。

3.1

基因组品种构成genomicbreedcomposition（GBC）待鉴定地方猪个体基因组中不同品种的遗传贡献比例。

3.2

SNP面板singlenucleotidepolymorphism(SNP)panel

以测序或者基因芯片检测方法获得的参考群全部个体的基因组分型数据为基础，筛选并建立的用于估计个体GBC组分的SNP信息集合。

3.3

品种纯度breedpurity

在待鉴定地方猪个体的基因组中本品种所占比例，即本品种GBC值。

4操作步骤要求

4.1基因型检测

按照DB43/T3044的规定执行。

4.2SNP面板构建

4.2.1参考猪种基因组信息收集

根据待鉴定个体特征收集或构建参考猪种基因组分型信息。要求每个参考猪种基因组信息的个体数不少于100头，家系数不少于6个，并尽量覆盖所有家系。

4.2.2参考猪种基因组信息质控

采用品种似然值法剔除每个品种中不具备该品种遗传特征的极端个体，剔除比例不超过5%。

4.2.3参考猪种等位基因频率计算

利用基因组信息，根据式（1）计算各参考猪种每个SNP的A等位基因频率。

Freq(A)=(2×nAA+nAB)/(2×N)·····················································(1)

式中：

nAA——各猪种中SNP基因型为AA的个体数；nAB——各猪种中SNP基因型为AB的个体数；N——各猪种的有效动物个体数。

4.2.4参考SNP的选择

根据本文件4.2.3中参考猪种各SNP等位基因频率，采用随机选择法、均匀分布法、最大化遗传距离法或Wright的Fst法等SNP筛选方法，获得高信息含量的SNP，构建用于估计GBC的不同密度SNP面板。

4.3SNP面板与统计模型组合选择

4.3.1通用组合法

应用均匀分布法筛选1000个SNP位点构建SNP面板，结合混合模型（BL-Admixture），构成通用组合。

4.3.2优化