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蛋白质序列分析;第一节蛋白质基础性质分析
第二节蛋白质功效预测
第三节蛋白质结构预测
第四节蛋白质分子进化分析;第一节蛋白质基础性质分析;一、疏水性分析;;;二、跨膜区分析;;;三、前导肽和蛋白质定位;四、卷曲螺旋分析;第二节蛋白质功效预测;目标蛋白是否和功效已知蛋白相同?→
↓;一、基于序列同源性分析蛋白质功效预测;2、记分矩阵使用
A、记分矩阵必须和序列匹配同源性相对准确
PAM250用于远距离匹配(约25%一致性)
PAM40用于同源性较低相关蛋白
BLOSUM62用于常规分析
B.不一样记分矩阵能更加好揭示保守区域。;;3.选择所检索数据库
SWISS-PROT
PDB
OWL综合性蛋白质序列数据库(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/OWL/owl_blast.html)。;二、基于motif、结构位点、结构功效域数据库蛋白质功效预测;由教授依据生物学知识审编SWISS-PROT蛋白质序列中有生物学意义位点(sites)、模式(patterns)和轮廓(profile)建立数据库
/prosite;2.HITS蛋白质结构数据库;3、InterProScan综合分析网站;4.简单模块构架有哪些信誉好的足球投注网站工具;第三节蛋白质结构预测;一、蛋白质结构资源;2.蛋白质结构分类数据库(SCOP)
structuralclassificationofproteins，SCOP是对己知蛋白质三维结构进行手工分类得到数据库。能够分析查询蛋白质是否和已知结构蛋白质含有相同性。http://scop.mrclmb.cam.ac.uk/scop/;二、蛋白质二级结构预测;1.穿针引线(threading)原理
全部可能蛋白质形状中哪个适应于我序列?→成千上万种可能
我已经观察到了己知结构蛋白质结构中折叠方式，我序列是否也能够折叠为此种方式？→1000种;2.同源模建;第四节蛋白质分子进化分析;一、蛋白质分类数据库(ProtoMap)
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