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生物技术进展

生物技术进展2023年第13卷第5期730~741CurrentBiotechnologyISSN2095?2341

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利用重测序技术开发高粱InDel分子标记

蒲伟军1，谭冰兰1，贺丹晨1，2，张盼1，李玉斌1，3，朱莉1*

1.中国农业科学院生物技术研究所，北京100081；

2.南京师范大学食品与制药工程学院，南京210023；3.青岛农业大学农学院，山东青岛266109

摘要：高粱是重要的禾谷类作物，其测序品种BTx623的全基因组序列已经公布，为高粱InDel标记的开发提供了研究基础。插入与缺失（insertion/deletion，InDel）标记作为高通量分子标记，在植物基因组中具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点，目前已在水稻、玉米、棉花等主要作物中得到广泛应用，然而在高粱中的研究尚不多见。以高粱品种JIUTIAN1基因组DNA为研究对象，利用Illumina平台进行重测序，进一步利用Trimmomatic软件对测序原始数据进行质量控制，剔除低质量数据，使用BWA软件将获得的高质量有效数据与测序品种BTx623参考基因组进行序列比对，从中检测出大量InDel位点。利用这些InDel位点在全基因组范围内设计均匀分布的205个标记，通过PCR验证后筛选出87个多态性标记，多态性为42.44%。高粱Indel标记的开发有望为高粱遗传连锁图谱的构建、遗传多样性分析、杂交种纯度鉴定、高粱重要农艺性状相关基因的定位和分子标记辅助选择育种等研究奠定基础。

关键词：高粱；InDel；重测序；多态性引物；分子标记DOI：10.19586/j.2095?2341.2023.0106

中图分类号：Q343.1+7,S514文献标志码：A

DevelopmentofInDelMolecularMarkersinSorghumUsingRe-sequencingTechnology

PUWeijun1，TANBinglan1，HEDanchen1，2，ZHANGPan1，LIYubin1，3，ZHULi1*

1.InstituteofBiotechnology，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100081，China；

2.SchoolofFoodScienceandPharmaceutialEngineering，NanjingNormalUniversity，Nanjing210023，China；

3.CollegeofAgronomy，QingdaoAgriculturalUniversity，ShandongQingdao266109，China

Abstract：Sorghum（SorghumbicolorL.Moench）isoneofthemostimportantcereal，andthecompletegenomeofsorghumsequencingvarietyBTx623hasbeenpublished，whichprovidesaresearchbasisforthedevelopmentofInDel（insertion/deletion）markersinsorghum.InDelmarkers，ashigh-throughputmolecularmarkers，havetheadvantagesofhighgeneticstability，widedistribution，strongpolymorphism，andstronguniversalityinplantgenomes.Atpresent，ithasbeenwidelyusedinrice，corn，cottonandothermajorcrops.However，therearefewstudiesinsorghum.Inthisstudy，thegenomicDNAofsweetsorghumvarietyJIUTIAN1wasselectedastheresearchobjec