数据库的结直肠癌多基因预后预测模型构建与评价 .pdfVIP

山东医药2023年第63卷第17期

基于GEO和TCGA数据库的结直肠癌

多基因预后预测模型构建与评价

高艳红，李华

唐山中心医院消化内科，河北唐山063000

摘要：目的探讨基于GEO和TCGA数据库中9个结直肠癌（CRC）预后相关基因所构建的预测模型对CRC预

后的预测效能。方法收集接受腹腔镜CRC根治术的患者350例，记录患者临床病理资料，实时荧光定量PCR法检

测患者CRC组织中基于GEO和TCGA数据库筛选出的9个CRC预后相关基因（CLK1、SLC2A3、LIPG、EPHB2、

ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11）表达。术后随访12个月，根据是否出现肿瘤复发或癌因性死亡，将患者

判定为有疾病进展或无进展。对比有进展及无进展患者各基因表达，使用多因素Cox回归方程分析影响CRC患者

疾病进展的相关因素；使用R软件ggrisk包构建CRC患者多基因预后预测模型，采用受试者工作特征曲线（ROC）评

估预后预测模型的预测效能。结果术后随访12个月，350例CRC患者中260例未出现疾病进展，90例出现疾病进

展，总进展率为25.71%。出现疾病进展患者CRC组织LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2和CXCL11表

达低于无进展患者，CLK1、SLC2A3表达水平高于无进展患者（P均0.05）。多因素Cox回归分析显示，CLK1、

SLC2A3、LIPG、EPHB2、ATOH1、PLCB4、GZMB、CKMT2及CXCL11基因均为CRC患者预后的独立影响因素（P均

0.05）。基于Cox回归构建的多基因风险预测模型显示，风险评分=5/｛1+EXP［CLK1×1.438+SLC2A3×7.323+EPHB2×

（-0.451）+ATOH1×（-26.724）+PLCB4×（-0.374）+CKMT2×（-7.910）+LIPG×（-0.500）+GZMB×（-2.621）+CXCL11×

（-1.507）+17.967）］｝，风险评分为-0.22时为最佳截点。ROC曲线分析显示，预测模型预测CRC患者不良预后的曲

线下面积（AUC）为0.978、敏感度为94.44%、特异度为89.62%。结论根据GEO和TCGA数据库中9个CRC预后

相关基因成功构建了CRC预后预测模型，该模型对CRC患者预后的预测能力较好。

关键词：生物信息学；预后模型；GEO数据库；TCGA数据库；结直肠癌

doi：10.3969/j.issn.1002-266X.2023.17.016

中图分类号：R735.3文献标志码：A文章编号：1002-266X（2023）17-0064-04开放科学（资源服务）

标识码（OSID）

结直肠癌（CRC）为结肠或直肠的恶性上皮性肿较强异质性，临床病理分期、病理类型、病灶部位及

瘤，临床上可表现为便血、排便习惯改变、腹部包块、患者年龄、身体状况等因素都可能影响结肠癌的预

贫血、肠梗阻等。目前认为，CRC的临床预后具有后。因此，寻找可靠的预后生物标志物，以提供更好

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的临床预测价值很有必要。CHEN等通过GEO

基金项目：河北省医学科学研究课题项目。

通信作者：李华（E-mail：Lihuatsr@126.com）和TCGA