基于生物信息学数据库分析肾透明细胞癌SKA1表达及临床意义 .pdfVIP

基于生物信息学数据库分析肾透明细胞

癌SKA1表达及临床意义

Summary目的探讨纺锤体和动粒相关蛋白复合体亚基1(SKA1)在肾透明细胞癌中

的表达及临床意义。方法收集2018年1月至2018年12月在新疆医科大学附属

肿瘤医院就诊的76例肾透明细胞癌患者术前和24例健康体检者的静脉血液标

本，利用实时荧光定量PCR检测患者全血中SKA1的水平，分析SKA1的水平与

临床病理特征的关系。挖掘Oncomine(v4.5)、TheHumanProtein

Atlas(THPA)基因数据库、TheCancerGenomeAtlas(TCGA)门户网站

(cBioportal)和GeneExpressionOmnibus(GEO)中关于SKA1的信息，基于

cBioportal数据库中的肾透明细胞癌数据采用Kaplan-Meier法进行生存分

析，log-rank检验进行生存率的比较，χ2检验分析SKA1水平与临床病理特征

的关系。采用ROC曲线评价SKA1mRNA在肾透明细胞癌中的诊断价值，并采用

KOBAS3.0版在线工具对SKA1基因进行富集分析。结果Oncomine(v4.5)数据库

中检索到2项关于SKA1mRNA在人肾透明细胞癌组织中表达水平的研究，共38

个样本，分析结果显示人SKA1mRNA在肾透明细胞癌组织中呈高表达，进一步

检测发现，与正常肾组织相比，SKA1mRNA在肾透明细胞癌组织中的表达水平

显著升高[-2.21(-3.56，-1.59)vs.-3.41(-4.55，-1.65)]，差异具有统计学

意义(Z＝2.282，P＝0.022)。利用THPA在线网站分析表明，SKA1蛋白在肾癌

组织中呈明显中等强度染色，而在正常肾组织中极少部分弱阳性表达或不表

达，SKA1主要定位于细胞质膜，这一检测结果与mRNA分析结果一致。

cBioportal数据库分析结果表明，SKA1表达水平与AJCC分期(χ2＝21.352，

P0.001)、T分期(χ2＝19.967，P0.001)、N分期(χ2＝11.323，P＝0.003)

及M分期(χ2＝27.248，P0.001)显著相关。76例肾透明细胞癌患者外周血

SKA1的水平为0.301±0.147，健康体检者为0.162±0.052，差异具有统计

学意义(t＝7.360，P0.001)，其水平与AJCC分期(t＝2.445，P＝0.017)和淋

巴结转移(t＝2.242，P＝0.028)相关，该结果与cBioportal数据库中组织分析

结果相符。生存分析显示，cBioportal数据库中，肾透明细胞癌患者SKA1

mRNA的表达水平与总生存率和无瘤生存率相关(χ2＝22.440，P0.001；χ2＝

23.830，P0.001)。GEO数据库中，肾透明细胞癌患者的SKA1mRNA的表达水

平与总生存率无关(χ2＝0.241，P＝0.632)。cBioportal数据库中ROC分析结

果显示，选取诊断界值为-0.944时，SKA1mRNA诊断肾透明细胞癌的敏感性为

100%，特异性为98.7%，ROC曲线下面积(AUC)为0.991，95%CI为0.972～

1.000。对76例肾透明细胞癌患者进行ROC分析结果显示，当诊断界值为

0.235时，外周血中SKA1水平诊断肾透明细胞癌的敏感性为75.0%，特异性为

95.8%，AUC为0.837，95%CI为0.761～0.914。KOBAS富集分析结果显示，

SKA1高表达样本主要富集在染色体着丝粒、微管聚合与解聚调节、有丝分裂纺

锤体检查点等基因集。结论SKA1高表达于肾透明细胞癌组织中，并与患者预后

显著相关，可作为肾透明细胞癌的诊断指标及潜在的治疗靶点。

-全文完-