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猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

张雄;张勇;陈祥;李俊;白优;陈村年;李冬光

【摘要】为揭示猪肌分化因子(myogenicdifferentiation1,MyoDl)基因启动子

区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵

州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5UTR及

部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、

CpG岛和转录因子结合位点的影响.结果表明,在MyoD1基因5UTR及部分第1

外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学

软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpG

Islandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,

据此推测猪MyoD1基因5UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要

影响.

【期刊名称】《中国畜牧兽医》

【年(卷),期】2016(043)005

【总页数】8页(P1308-1315)

【关键词】MyoD1基因;SNP;启动子;生物信息学

【作者】张雄;张勇;陈祥;李俊;白优;陈村年;李冬光

【作者单位】贵州大学动物科学学院,贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部

共建教育部重点实验室,贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州

大学动物科学学院,贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实

验室,贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州大学动物科学学院,

贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室,贵州省动物遗

传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心,贵

阳550025;贵州大学动物科学学院,贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共

建教育部重点实验室,贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州大

学动物科学学院,贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验

室,贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵阳550025;贵州省生猪健康养殖工程

技术研究中心,贵阳550025;贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心,贵阳550025

【正文语种】中文

【中图分类】S813.3

肌分化因子(myogenicdifferentiation1，MyoD1)属于生肌调节因子家族成员

(MRFs)，与肌肉基因启动子的特异性区域(E-BOX)结合后，可激活肌肉特异性转

录，促进肌前体细胞的增殖和分化。MyoD1基因还可使许多类型的细胞，如成纤

维细胞及脂肪细胞等转化为成肌细胞，并最终分化为成熟肌纤维[1]。Knoll等[2]

研究猪MyoD1基因内含子1时，发现1个DdeⅠ酶切位点，突变型A基因可提

高胴体产肉量及猪肉品质。朱励等[3]研究发现，在10个中外种猪及部分杂交群体

MyoD1基因内含子1中AA基因型纯合子对肌内脂肪含量具有显著影响。吴淑疆

等[4]对海南五指山猪MyoD1基因进行多态研究，发现内含子1中等位基因A在

五指山猪中是优势等位基因。针对MyoD1基因内含子1中突变型A基因对肉质

性状的显著影响，从而引起了学者对该基因的重视。

目前，对MyoD1基因仅限于转录和翻译水平的分析，而表达调控、启动子的功能

和调节等方面研究较少[5]。桓聪聪等[6]研究指出，MyoD1基因在关岭牛背最长

肌中表达量最高，且随着出生时间的推移肌肉组织中表达量呈上升趋势。褚敏等[7]

报道了大通牦牛MyoD1基因3′UTR多态性，指出在3′UTR1976bp处CC基因

型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体。张雯等[8]通过构建重组克隆

载体，筛选出了关岭牛MyoD1基因启动子上的转录因子结合位点。启动子是位于

结构基因翻译起始位点上游的一段