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#软件工具#-KEGG分析KOBAS

图1.KOBAS主页

当您手里头有一堆的gene时，不知道您是否有一种不知道该

怎么进行分析的感觉。别担心，下面为大家介绍一个KEGG通路分

析——KOBAS（KEGGOrthologyBasedAnnotationSystem，

）,有了它很多问题迎刃而解。

KOBAS是由开发并的，她是有Python写的，可以通过

网页进行数据分析，也可以到本地进行分析，KOBAS的强大之

处在于它不仅能进行KEGG通路的分析，也可以进行GO和其他的分

析，它整合了OMIM,,FunDO,GAD,andNHGRIGWASCatalog，

BioCarta(fromPID),Reactome,BioCyc,andPANTHERpathway等数

据库，是不是很强大很全面啊！！，我用过很多很多KEGG分析软

件，用一句话总结就是：KEGG分析哪家强，还是KOBAS。有

了KOBAS再也不用担心不会进行注释了！

下面为大家简单演示一下网页版的KOBAS，有特别要求的童

鞋可以本地版本来进行分析。登入KOBAS主页如图1，我们看

到左边有RunKOBAS2.0，AdvancedKOBAS，Download和Help4

大块内容。Download和Help就不用多说了，AdvancedKOBAS板块

是可以免费，免费后我们可以看到我们以前分析的数据，分

析方法和简单RunKOBAS2.0差不多。KOBAS总体分析包括2个部

分：第1是把对应到各种数据库中，第2是进行富集分析。接下

来我讲用示例数据给大家演示一下！

1.注释

点击主页左侧的Annotate，看到如图2的页面。从页

面Inputsource:（图2中橙色方框），KOBAS将接受3种输入：

从本地上传（Uploadafilefromlocaldisk），直接粘贴数据

（Pastefromclipboard），和以前的数据（Useafileonweb

server），提前是你以前使用过。从图2椭圆我们可以知

道可以有三种数据格式：序列、blast结果、id。具体的格式

可以点击Inputtype:来选择。下面我们就以GeneID作为输入的数

据。点击图2椭圆中的GeneIDexample，将看到图3页面。

图2.KOBAS注释输入页面1

从图3我们可以看到我们选择是的粘贴（红框），GeneID

（椭圆），物种选择的是人类（红色椭圆），KOBAS目前能

支持上百物种的数据。从青色椭圆可以看到分析的内容，包括通路，

疾病，GO三大类数据10几种分析。从青色方框中，我们还可以填

写邮件，分析完会发邮件通知，是不是够人性化啊！我们点击

Run，提交，结果见图4。从图4我们可以看到，提交到的GeneID