真核生物基因结构的预测分析.ppt

*NetGene2输出结果供体位点受体位点可信度相位第32页,共37页，星期六，2024年，5月*mRNA剪切位点识别：SpideyNCBI开发的在线预测程序用于mRNA序列同基因组序列比对分析/spidey第33页,共37页，星期六，2024年，5月*Spidey同源序列的获得:序列比对通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。BLAST比对到的三条mRNA序列第34页,共37页，星期六，2024年，5月*输入基因组序列或序列数据库号输入相似性序列判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数不受默认内含子长度限制，默认长度：内部内含子为35kb,末端内含子为100kb比对阈值选择物种输出格式选择最小mRNA长度第35页,共37页，星期六，2024年，5月*Spidey输出结果第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子外显子对应于基因组上的起始/结束位置外显子对应于mRNA/cDNA上的起始/结束位置供体、受体位点外显子长度一致性百分比错配和gap外显子序号序列联配结果第36页,共37页，星期六，2024年，5月感谢大家观看第37页,共37页，星期六，2024年，5月******1.原核,简单的基因结构2.真核3.微生物，原核生物基因组*****关于真核生物基因结构的预测分析*基因组序列cDNA序列编码区预测CodonbiasGCContent限制性酶切位点基因结构分析选择性剪切转录调控因子序列比对功能注释KEGGGO系统发育树蛋白质序列翻译蛋白质理化性质二级结构预测结构域分析重要信号位点分析三级结构预测基因组功能分析第2页,共37页，星期六，2024年，5月*真核生物基因的主要结构第3页,共37页，星期六，2024年，5月*基因结构分析开放读码框GENSCANCpG岛CpGPlot转录终止信号POLYAH启动子/转录起始位点PromoterScan密码子偏好分析CodonWmRNA剪切位点NETGENE2Spidey选择性剪切ASTD基因结构分析常用软件第4页,共37页，星期六，2024年，5月*开放读码框的识别开放读码框（openreadingframe,ORF)是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列ORF是潜在的蛋白质编码区第5页,共37页，星期六，2024年，5月*基因开放阅读框/基因结构分析识别工具ORFFinder/gorf/gorf.htmlNCBI通用BestORF/berry.phtml?topic=bestorfgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核GENSCAN/GENSCAN.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneFinder/tools/genefinder/Zhanglab人、小鼠、拟南芥、酵母FGENESH/berry.phtml?topic=fgeneshgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核(基因结构)GeneMark/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMER/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi/software/glimmerMaryland原核Fgenes/berry.phtml?topic=fgenesgroup=programssubgroup=gfindSoftberry人（基因结构）FgeneSV/berry.phtml?topic=virusgroup=programssubgroup=gfindvSoftberry病毒Generation/generation/ORNL原核FGENESB/berry.phtml?topic=fgenesbgroup=programssubgroup=gfindbSoftberry细菌（基因结构）GenomeScan/genomescan.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneWise2http://www.ebi.ac.uk/Wise2/EBI人GRAIL/grailexp/ORNL人、小鼠、拟南芥、果蝇第6页,共37页，星期六，2024年，5月*ORF识别：GENSCAN/GENSCAN.html结果返回到邮箱（可选）提交序列提交序列文件运行GENSCAN显示氨基酸或C