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·论著·

医学研究杂志2021年5月第50卷第5期

生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义

王乾合赵立然朱克祥

摘要目的利用生物信息学方法对GEO数据库进行探索,获取胰腺癌发生、发展的核心基因,分析胰腺癌发生、发展的

潜在机制。方法使用GEOquery包从GEO数据库获取胰腺癌相关芯片数据(GSE62452),利用Limma包进行差异分析,结合

clustreProfiler包对上调基因和下调基因分别进行GO功能和KEGG通路分析,利用String在线网站对差异基因进行蛋白互作网

络分析,利用Cystoscopes软件筛选出核心基因,最后借助TCGA数据库和芯片数据(GSE28735)对核心基因进行再次验证。结果

利用生物信息学方法共获得286个差异基因,其中包含上调基因189个,下调基因97个。富集分析结果显示上调基因涉及细胞

组织黏附、细胞外基质组织构成等功能以及蛋白消化与吸收、PIK-Akt等信号通路相关。下调基因与脂类消化、细胞壁破裂等

功能和胰腺分泌等信号通路密切相关。通过蛋白互作网络筛选出20个关键基因,利用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析

验证,发现3个基因(MMP11、LAMB3、PLAU)与胰腺癌预后明显相关。结论通过生物信息学方法最终筛选出3个核心基因,为

胰腺癌的诊断和预后提供了新的思路。

关键词胰腺癌靶向治疗GEO

中图分类号R73文献标识码ADOI10.11969/j.issn.1673548X.2021.05.009

ExpressionandSignificanceofKeyGenesinPancreaticCancerTissues:ABioinformaticsAnalysis.WangQianhe,ZhaoLiran,ZhuKex

iang.TheFirstClinicalMedicalCollege,LanzhouUniversity,TheFirstHospitalofLanzhouUniversity,Gansu730000,China

AbstractObjectiveGeneexpressionomnibus(GEO)databaseswasanalyzedbyusingbioinformaticstoscreenthekeygenes,

andtoanalyzethepotentialmechanismsofpancreaticcancer.MethodsMicroarraydataofGSE62452wereobtainedfromGEOdatabases

usingGEOquerypackageanddifferentiallyexpressedgeneswerescreenedusingLimmapackage.WiththeclustreProfilerpackage,GO

functionandKEGGpathwayanalysiswerecarriedoutforup-regulatedgenesanddown-regulatedgenesrespectively.Proteininteraction

networkanalysisofdifferentiallyexpressedgeneswasanalyzedusingStringonlinewebsites,andCystoscopessoftwarewasusedtoscreen

coregenes.Finally,thecoregeneswereverifiedwithTCGAdatabaseandchipdata(GSE28735).ResultsAtotalof286differentially

expressedgeneswereextractedbybioinformatics,including189up-regulatedgenesand97down-regulatedgenes.Enrichmentanalysis

revealedthatupregulatedgeneswerecloselyas

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