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#数据库#TAIR拟南芥信息资源数据库介绍

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拟南芥信息资源（TAIR）收录了以拟南芥植物为模型生物的遗传学

和分子生物学数据的数据库。TAIR数据包括与结构，产物信

息，表达，和储备，组地图，遗传和身体标记相关

的信息，以及有关拟南芥研究团体的全组序列。产品功能的

数据是每周从公布的研究文献和社区数据提交更新。TAIR还提供

广泛的跳转从当前的数据页到其他拟南芥资源。拟南芥生物资源

在俄亥俄州立大学收集，抄录，保存和分发拟南芥和相关品种的

和资源。

主页地址

从主页可以看到最上方包括很多工具，如检索，浏览，工

具，，，提交，等等。下方主界面是拟南芥信息资源平台

的介绍。数据库提供了丰富的数据资源和分析工具，如下图所示

我们以检索，浏览，工具，，为例，具体的下拉可选功能

如上图所示，可以看到用户可选的分析方法，包括数据和工具都非常

多，同时数据还提供了多个跳转到其他相关数据资源平台的。

在查询页面，我们可以看到用户可以选择物种，这里选择的拟南芥属，

下面可选，高级有哪些信誉好的足球投注网站还可以限制起始或终止的组位置，进行

精确查找。下面是功能分析，提供了三种GOterm，即BP,MF,CC。另外

还可以选择evidence验证数据。

上图为限制选项，我们可以通过features进行限制，选择前体trna,转

位elementgene，蛋白编码等。还可以使用多种高级有哪些信誉好的足球投注网站，如是否

有corEST，是否是一个geneticmarker等。

在浏览界面，我们可以看到可以浏览的信息非常丰富，包括ABRC

Catalog,2010projects,Genefamily等等。以及对应数据的详细描述，点

击任意浏览资源可以跳转到相应界面或平台。

在工具界面我们可以浏览到非常多的分析使用工具，以及每个工

除了处理前的数据集，还可以通过不同的数据挖掘程序进一步分析，

我们提供了聚类分析的方法，现成的微阵列数据可从TAIR该软件。

目前，这些包括VxInsight®和Java的TreeView数据

VxInsight®是国家开发的专利数据挖掘软件。我们使用

VxInsight®聚类的数据集和可视化表达模式为山区地形图。

它是从TAIR免费提供的的表达数据集的分析工具。对数据进行聚

类使用基于t统计量的Pearson相关系数对相似的表达值获

得。该工具目前仅适用于Windows环境。

Java的TreeView是一个开源，跨平台的表达的可视化工具，

微阵列数据，类似于的TreeView控件程序交互显示。它是由

阿洛克尼亚在斯坦福大学开发的。我们做了一些小的修改，以

软件如元件有哪些信誉好的足球投注网站工具预设的URL，使用的集群方案实施分层

聚类算法得到的数据。标准的Pearson相关和averagelinkage被用于计

算相似性矩阵。

最后是数据库提供的FTP下面，这里可以免费数据平台

提供的，功能注释，Maps，微阵列，通路，蛋白等数据。

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