MLPA-3500系列测序仪设置-V3.docx

MLPA毛细管电泳实验设置向导

——3500系列基因分析仪

1.启动系统：打开仪器电源，仪器自检成功(指示灯变成绿色)；打开电脑，待电脑右下方处3500ServerMonitor完全启动；打开3500DataCollection软件；输入用户名密码，登陆。

2.进入仪器主界面。创建新反应板—点击“CreateNewPlate”。

3.输入反应板基本信息，点击“AssignPlateContents”进入下一界面。

(1)Name(反应板名称)：如MLPA

(2)PlateType(反应板类型)：Fragment

(3)CapillaryLength(毛细管长度)：50cm

(4)Polymer(胶类型)：POP7

4.反应板编辑。

(1)在反应板界面相应孔位输入标本名称。

(2)分配反应板内容：从下方Barcode框中的addfromlibrary分别选择相应的“Assays(运行程序)”“FileNameConventions(文件命名规则)”“ResultsGroups(数据保存规则及位置)”

注

注：创建新的反应板内容请参阅附录

(3)点击选中反应孔位，勾选下方Assays，FileNameConvention及ResultsGroup。点击LinkPlateforRun。

5.关联对应反应板PlateA或PlateB。点击StartRun开始运行。

附录

首次运行时，先创建反应板内容，并保存到Library中，以便后续运行使用

1.Assays设置

(1)首次实验，点击“CreateNewAssay”创建新反应程序。

(2)“AssayName”栏输入程序名称，比如“MLPA”。

(3)“InstrumentProtocols”设置仪器运行条件。

(4)“SizecallingProtocol”选择长度读取方法。

1.1“InstrumentProtocols”设置方法如下：

(1)点击右侧“CreateNew”，进入设置界面。

(2)根据实际使用的marker选择荧光组合“DyeSet”，比如使用LIZ标记的marker，一般选择“G5”，使用ROX标记的marker则一般选择“D”。

(3)RunModule选择对应的运行模块，3500一般选择“FragmentAnalysis50_POP7”。

(4)“ProtocolName”属于程序名称，比如“MLPA”。

(5)下方主要运行条件如下：RunVoltage:15kv，RunTime:1800s，InjectionVoltage：1.6kv，InjectionTime：15s。其他默认即可。

(6)设置完毕后，点击SavetoLibrary及ApplytoAssay。

1.2SizecallingProtocol一般选择“Fragment_Analysis_PA_Protocol”。设置完毕后，点击SavetoLibrary及ApplytoAssay。

2.FileNameConventions设置。

用于实验产生数据的文件名设置，可直接选择已有命名规则，或者设置新命名规则。如针对MLPA设置命名规则，Name输入规则名称，如MLPA，下方将需要显示的内容添加到右侧即可。设置完毕后，点击SavetoLibrary及ApplytoAssay。

3.ResultsGroups设置。

可选择已有规则，也可选择新建保存规则及位置。如针对MLPA设置，Name输入MLPA，下方可根据实际需要选择文件夹组织方式；可自定义文件保存位置：SelectFolderOption栏Customfilelocation右侧Browse选择需要保存的位置。设置完毕后，点击SavetoLibrary及ApplytoAssay。