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百学须先立志。——朱熹
第一章Diamond3界面选项的功能介绍
在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond3界面上所有选项的基本功能。
一个典型的diamond3的界面
打开C:\ProgramFiles\Diamond3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件(上图所示)。
百学须先立志。——朱熹
第一节File菜单系列
1.1File菜单简介
File菜单系列,包括Windows系统常规的几种选项(如图2所示。)
图1.2File菜单系列
1.2常用选项
1.2.1Open选项
点击该选项,可以看到diamond3可以打开的所有文件类型(如图3所示)。
图1.3Diamond3支持的阅读格式
百学须先立志。——朱熹
前三项是该公司开发的Diamond及Endeavour软件的默认格式。其中Cif文件格式最
为通用。ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。ProteinDataBank
格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式,这在构建特
殊结构模型时极为便利,比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。
1.2.2Save选项
这里默认的保存格式是Diamond3Document(*.diamdoc)格式。
1.2.3Saveas选项
共包括三个次级选项:
图1.4Diamond3Saveas的三个次级选项
在实际应用中,前两项功能相似,我们以SaveDocumentAs为例进行介绍:
SaveDocumentAs提供14种文件格式:
图1.5Diamond3支持的14结构储存格式
百学须先立志。——朱熹
前三项为该公司开发的结构文件格式,常用的为第一项*.diamdoc。通常在我们处理一
个较为复杂的结构时,一次无法完成或者以后仍需要修改时,必须保存成该格式。该格式详
细保留了您的一切设置(分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等),demo版不提供该格
式的保存。其它格式则通常并不实用。需要指出的是,有时为了统计自建模型(比如在抽象
拓扑结构时,统计两种或多种拓扑类型的比例)中原子的个数及比例,可以保存为cif格式。
图1.6Diamond3支持的6种图片储存格式
SaveGraphicAs:
本功能提供了图片保存功能,共包含了6种图片格式。我们通常需要使用的是bmp格
式(位图格式,文件通常较大,在word中缩放会导致分辨率降低)、jpg格式(文件较小,
在winoffice软件中可以任意缩放而不改变分辨率)、tif格式(是很多杂志要求的图片格式,
易于编辑和处理)。为实现diamond与3DMax软件的交叉使用,还需要掌握另外一种文件
保存格式,即wrl格式,该格式也保留了创作者构建的所有信息,而不只是结构单元。
百学须先立志。——朱熹
第二节Edit菜单系列
2.1Edit菜单简介
Edit菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴
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