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生物信息学试验汇报
姓名：黄栋
学号：
指导老师：宋晓峰
南京航空航天大学11月
试验一生物信息数据库的检索
一.试验目的：
1.理解生物信息学的各大门户网站以及其中的重要资源。
2.理解重要数据库的内容及构造，理解各数据库注释的含义。3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索措施。
二.试验内容：
(1)国际与国内的生物信息中心
国际NCBI、EBI、ExPASy,EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的理解。核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJ
NCBI网址：EBI网址：EMBL网址：
蛋白质序列数据库：
SwissProt、ExPASy网址：Uniprot网址：
蛋白质构造数据库：PDB网址：
(2)检索练习：
ThespikeproteinofSARS-CoronaVirus在NCBI中的核酸记录序列：
LOCUSCS2444393897bpDNAlinearPAT17-JUL-
DEFINITIONSequence3fromPatentWO.ACCESSIONCS244439
VERSIONCS244439.1GIKEYWORDS
SOURCESARScoronavirusORGANISMSARScoronavirus
Viruses;ssRNApositive-strandviruses,noDNAstage;Nidovirales;Coronaviridae;Coronavirinae;Betacoronavirus.
REFERENCE1
AUTHORSAltmeyer,R.,Nal-Rogier,B.,Chan,C.,Kien,E.,Kam,Y.W.,Siu,Y.L.,Tse,K.S.,Staropoli,I.andManuguerra,J.C.
TITLENucleicacids,polypeptides,methodsofexpression,andimmunogenic
compositionsassociatedwithsarscoronavirusspikeproteinJOURNALPatent:WO-A2315-DEC-;
INSTITUTPASTEUR(FR);HongKongPasteurResearchCentreLimited(CN)
FEATURESLocation/Qualifiers
source1.3897
/organism=SARScoronavirus/mol_type=unassignedDNA
/db_xref=taxon:227859
CDS44..3847
/note=unnamedproteinproduct
/codon_start=1
/protein_id=CAJ56183.1/db_xref=GI/translation=MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDAVDCSQNPLAELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDATSTGNYNYKY
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