进化树的构建[整理版].pdf

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烦请各位看看,有没有什么大的问题,请直接贴上你的意见和建议,我会尽快修改。主要是

针对初学者,写得尽量简单一些。

谢谢!

phylogentics_lylover.doc(73.0k)

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lz还真勤劳,一个字:顶

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Amazing!

Thankyouforyourhardwork!

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oldfish的批评意见也一并上传。写得不错。呵呵

phylogentics_lylover_with_comments.doc(105.5k)

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晕,出丑了...改过来了。谢谢

再贴一个来自yzwpf的批评意见。写得很不错。

NJ,ML,Bayes均需要选择模型,对PAUP和MrBayes而言,ModelTest有专门的版本可

自动选择模型,意味着它会输出两者专用的设置模型的命令,用户需要的只是将该命令简单

的复制粘贴。

MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。

ml法无需比对应该是错误的。至少在paup中未比对会出错。

计算基因分化的年代,这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间,然后可

以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega中打开树后也可进行极为简

单的年代分析,但必须满足分子钟假设且无法根据多个分歧时间进行校正!

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楼主,这是我写的帖子呀!怎么变成了mediocrebeing,呵呵!

NJ,ML,Bayes均需要选择模型,对PAUP和MrBayes而言,ModelTest有专门的版本可

自动选择模型,意味着它会输出两者专用的设置模型的命令,用户需要的只是将该命令简单

的复制粘贴。

MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。

ml法无需比对应该是错误的。至少在paup中未比对会出错。

计算基因分化的年代,这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间,然后可

以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega

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