《生物信息学》试卷(A).docVIP

武汉大学2007—2008学年度

高校教师研修班

《生物信息学》试卷（A）及答案

翻译下列名词并解释。(每题5分，共25分)

1.EST

2.ORF

3.BLAST

4.ANN

5.HGP

二、填空(每空2分，共20分)

1、蛋白质空间结构测定常用的方法有和二维核磁共振技术。

2、BLAST对序列格式的要求是常见的格式。

3、系统发育树由一系列和组成，其中每个代表一个分类单元，而代表物种之间的进化关系。

5.用统计方法进行蛋白质结构预测包括、、等。

6.目前已经是最广泛使用的系统发育程序。

三、解释说明:请按要求对下列GenBank文件作解释说明。(每小题4分，共20分)

1、LOCUS行中的第3项mRNAlinear表示，这里是。

2、DEFINITION行在GenBank记录中用以

3ACCESSION是，是从数据库中检索一个记录的主要。

4.FEATURES后面部分是，直接表达了记录的生物背景知识，

5CDS30…533表示。

四、问答。（共35分）

1简述国际上有哪几个著名的核酸序列数据库？（10分）

2何谓序列比对的相似性和同源性，它们之间有何联系和区别（10分）

3试述发现基因的一般过程（15分）

《生物信息学》试卷（A）答案

翻译下列名词并解释。(每题5分，共25分)

1.ESTexpressedsequencetag表达序列标签

2.ORFOpenReadingFrame,开放阅读框

3.BLASTBasicLocalAlignmentSearchTool局部相似性基本查询工具

4.ANNArtificialNeuralNetwork,人工神经网络

5.HGPHumangenomeproject人类基因组计划

二、填空(每空2分，共20分)

1、蛋白质空间结构测定常用的方法有X射线晶体衍射法和二维核磁共振技术。

2、BLAST对序列格式的要求是常见的FASTA格式。

3、系统发育树由一系列节点和分支组成，其中每个节点代表一个分类单元，而节点之间的连线代表物种之间的进化关系。

4.用统计方法进行蛋白质结构预测包括经验性方法、结构规律提取方法、同源模型化方法等。

5.PHYLIP目前已经是最广泛使用的系统发育程序。

三、解释说明：请按要求对下列GenBank文件作解释说明。(每小题4分，共20分)

1、LOCUS行中的第3项mRNAlinear表示生物分子的类型，这里是单链的mRNA。

2、DEFINITION行在GenBank记录中用以总结记录的生物意义

3ACCESSION是检索号，是从数据库中检索一个记录的主要关键词。

4.FEATURES后面部分是特性表，直接表达了记录的生物背景知识，

5CDS30…533表示编码序列是从序列的第30个核苷酸到第533个核苷酸的连续序列

四、问答。（共35分）

1国际上有哪几个著名的核酸序列数据库？

Genbank

Genbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。

EMBL核酸序列数据库

由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。。

DDBJ数据库

日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。

这3个大型数据库于1982年达成协议，组成合作联合体。它们每天交换信息，并对数据库DNA序列记录的统一标准达成一致。每个机构负责收集来自不同地理分布的数据（EMBL负责欧洲，GenBank负责美洲，DDBJ负责亚洲等），然后来自各地的所有信息汇总在一起，3个数据库共同享有并向世界开放，

2何谓序列比对的相似性和同源性，它们之间有何联系和区别

假如两个生物大分子的序列足够相似，几乎毫无疑问(当然不是绝对)它们具有相似的生物学功能，并且可能是同源的。

相似性和同源性虽然在某种程度上具有一致性，但它们是完全不同的两个概念。

相似性(similarity)序列比对过程中用来