第04章蛋白质的共价结构ppt课件.pptxVIP

第四章蛋白质的共价结构;一、蛋白质通论;（一）蛋白质的化学组成和分类;单纯蛋白质（simpleprotein)：仅由氨基酸组成，不含其它化学成分。

缀合蛋白质(conjugatedprotein)：除含有氨基酸外的各种化学成分作为其结构的一部分。非蛋白质部分称为辅基(prostheticgroup)或配体(ligand)。;单纯蛋白质分类;结合蛋白质分类;（三）蛋白质构象和蛋白质结构的组织层次;楚雄师范学院化学与生命科学系范树国;楚雄师范学院化学与生命科学系范树国;四、蛋白质功能的多样性;二、肽;肽链写法：游离α-氨基在左，游离α-羧基在右，氨基酸之间用“-”表示肽键。;由于羰基碳-氧双键的靠拢，允许存在共振结构（resonancestructure），碳与氮之间的肽键有部分双键性质，由CO-NH构成的肽单元呈现相对的刚性和平面化，肽键中的4个原子和它相邻的两个α-碳原子多处于同一个平面上。;肽基的C、O和N原子间的共振相互作用;（二）肽的物理和化学性质;（三）天然存在的活性肽;三、蛋白质一级结构的测定;将肽段顺序进行叠联以确定完整的顺序;台州学院生命科学与医药化工学院柯世省;（二）N-末端和C-末端氨基酸残基的鉴定;Sanger法。2,4-二硝基氟苯在碱性条件下，能够与肽链N-端的游离氨基作用，生成二硝基苯衍生物（DNP）。

在酸性条件下水解，得到黄色DNP-氨基酸。该产物能够用乙醚抽提分离。不同的DNP-氨基酸可以用色谱法进行鉴定。

;在碱性条件下，丹磺酰氯（二甲氨基萘磺酰氯）可以与N-端氨基酸的游离氨基作用，得到丹磺酰氨基酸。

此法的优点是丹磺酰-氨基酸有很强的荧光性质，检测灵敏度可以达到1?10-9mol。

;氨肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的N-端逐个的向里水解。

根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，按反应时间和氨基酸残基释放量作动力学曲线，从而知道蛋白质的N-末端残基顺序。

最常用的氨肽酶是亮氨酸氨肽酶，水解以亮氨酸残基为N-末端的肽键速度最大。;此法是多肽链C-端氨基酸分析法。多肽与肼在无水条件下加热，C-端氨基酸即从肽链上解离出来，其余的氨基酸则变成肼化物。肼化物能够与苯甲醛缩合成不溶于水的物质而与C-端氨基酸分离。

;羧肽酶是一种肽链外切酶，它能从多肽链的C-端逐个的水解AA。根据不同的反应时间测出酶水解所释放出的氨基酸种类和数量，从而知道蛋白质的C-末端残基顺序。

目前常用的羧肽酶有四种：A,B,C和Y；A和B来自胰脏；C来自柑桔叶；Y来自面包酵母。

羧肽酶A能水解除Pro,Arg和Lys以外的所有C-末端氨基酸残基；B只能水解Arg和Lys为C-末端残基的肽键。;（三）二硫桥的断裂;;

;（四）氨基酸组成的分析;（五）多肽链的部分裂解和肽段混合物的分离纯化;为了减少胰蛋白酶的作用位点，可以通过化学修饰将其侧链基因保护起来。用马来酸酐可以保护Lys残基侧链上的ε－NH2，胰蛋白酶就不会水解Lys竣基参与形成的肽键，只能断裂Arg羧基所形成的肽键；反之，如果用1，2－环己二酮修饰Arg的胍基，则胰蛋白面只能裂解Lys羧基所形成的肽键。;糜蛋白酶(chymotrypin)或胰凝乳蛋白酶(Chymotrypsin)：它断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸的羧基参与形成的肽键。断裂键邻近的基团是碱性的，裂解能力增加；是酸性的，裂解能力将减弱。;肽链;肽链;葡萄球菌蛋白酶（Staphylococcalprotease)当裂解在磷酸缓冲液(pH7.8)中进行的，它能在Glu残基和Asp残基的羧基侧断裂肽键。如果改用碳酸氢铵缓冲液(pH7.8)或醋酸铵缓冲液(pH4.0)时，则只能断裂Glu残基的羧基侧肽键。;消化道内几种蛋白酶的专一性;2.化学裂解法;羟胺能专一性地断裂—Asn-Gly—之间的肽键。但专一性不很强，如—Asn-Leu—及—Asn-Ala—键也能部分裂解。;1.Edman化学降解;台州学院生命科学与医药化工学院柯世省;2.酶降解法;4.根据核苷酸序列的推定法;（七）肽段在多肽链中次序的决定;（八）二硫桥位置的确定;台州学院生命科学与医药化工学院柯世省;台州学院生命科学与医药化工学院柯世省;台州学院生命科学与医药化工学院柯世省;（九）蛋白质序列数据库;四、蛋白质的氨基酸序列与生物功能;同源蛋白质一般具有几乎相同长度的多肽链，它们的氨基酸序列与那些提取它们的物种的亲缘关系具有同一性。;不同生物来源的细胞色素c中不变的AA残基;不同种属;细胞色素c肽链中27个位置的氨基酸残基对所有已测试的种属都是相同的，表明这些残基是规定细胞色素c的生物活性所必需。例如第14和第17位置上的Cys残基可能保证与辅基血红素连接的必要位置，第7