BWA操作手册课件.docx

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2024-12-30 发布于江西
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BWA操作手册课件.docx

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ManualReferencePages-bwa

NAME

bwa-Burrows-WheelerAlignmentTool

CONTENTS

(1)Synopsis

(2)Description

(3)CommandsAndOptions

(4)SamAlignmentFormat

(5)NotesOnShort-readAlignment

AlignmentAccuracy

EstimatingInsertSizeDistribution

MemoryRequirement

Speed

(6)ChangesInBwa-0.6

(7)LicenseAndCitation

SYNOPSIS

bwaindexref.fa

bwamemref.fareads.fqaln-se.sam

bwamemref.faread1.fqread2.fqaln-pe.sam

bwaalnref.fashort_read.fqaln_sa.sai

bwasamseref.faaln_sa.saishort_read.fqaln-se.sam

bwasamperef.faaln_sa1.saialn_sa2.sairead1.fqread2.fqaln-pe.sam

bwabwaswref.falong_read.fqaln.sam

DESCRIPTION

BWAisasoftwarepackageformappinglow-divergentsequencesagainstalargereferencegenome,suchasthehumangenome.Itconsistsofthreealgorithms:BWA-backtrack,BWA-SWandBWA-MEM.ThefirstalgorithmisdesignedforIlluminasequencereadsupto100bp,whiletheresttwoforlongersequencesrangedfrom70bpto1Mbp.BWA-MEMandBWA-SWsharesimilarfeaturessuchaslong-readsupportandsplitalignment,butBWA-MEM,whichisthelatest,isgenerallyrecommendedforhigh-qualityqueriesasitisfasterandmoreaccurate.BWA-MEMalsohasbetterperformancethanBWA-backtrackfor70-100bpIlluminareads.

Forallthealgorithms,BWAfirstneedstoconstructtheFM-indexforthereferencegenome(theindexcommand).Alignmentalgorithmsareinvokedwithdifferentsub-commands:aln/samse/sampeforBWA-backtrack,bwaswforBWA-SWandmemfortheBWA-MEMalgorithm.

COMMANDSANDOPTIONS

index bwaindex[-pprefix][-aalgoType]in.db.fasta

IndexdatabasesequencesintheFASTAformat.

OPTIONS:

-pSTR Prefixoftheoutputdatabase[sameasdbfilename]

-aSTR AlgorithmforconstructingBWTindex.Availableoptionsare:

is ISlinear-timealgorithmforconstructingsuffixarray.Itrequires5.37NmemorywhereNisthesizeofthedatabase.ISismoderatelyfast,butdoesnotworkwithdatabaselargerthan2GB.