微生物多样性总结课件PPT.pptx

第二章微生物多样性;生物多样性(biodiversity)这个单词是一个新创造的组合词，由生物(bio)和多样性(diversity)组合而成。biologicaldiversity由托马斯·拉夫卓伊(ThomasLovejoy)于1980年提出，而biodiversity则由昆虫学家威尔逊(E.O.Wilson)于1986年在国家研究委员会(NationalResearchCouncil,NRC)举办的首次美国生物多样性论坛报告中提出。

微生物多样性（MicrobialDiversity）是一定区域范围内的所有微生物种类和它们的生态环境总和。;微生物生态系统多样性（Microbialecosystemdiversity）;1.3微生物多样性表现形式;-cellshapes:rods,cocci,spirals,filaments,amorphous,star-shaped,squares,……

-cellorganization:multicellularfrompairsandtetradstofilaments,sheets,rosettes,microbialmats,……

-cellssize:average1to5micronsrange0.1to660microns(Thiomargaritanamibiensis,giantsulfurbacteruiminNamibiansediments);;Dimensionsofsomebacteria;Chemotrophs:energyisobtainedfromchemicals

lithotrophs:inorganicchemicals(sulfur,iron,hydrogen)

-autotrophs:carbonisobtainedbyfixingCO2(sulfur-reducingArchaea,methanogens)

-heterotrophs:carbonisobtainedfromorganiccompounds(sulfur-reducingArchaea)

organotrophsandheterotrophs:carbonandenergyareobtainedfromorganicchemicals(heterotrophs,E.coli,pathogens);Ecologicaldiversity;它根据已知微生物不同分类级别上种群特异的DNA序列，以利用荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为探针，与环境基因组中DNA分子杂交，检测该特异微生物种群的存在与丰度。

C：水田DNA16SrDNA扩增

优点：DNA产量高，偏嗜度低；

Howdoes“abundance”influencethisbalance?

-temperature:from–12to113oC(Pyrolobus)andbeyond(121oC)

Margalef物种丰富度指数的计算公式为：

1to660microns(Thiomargaritanamibiensis,giantsulfurbacteruiminNamibiansediments)

454技术以平均序列读长240bp遥遥领先于同系列高通量测序仪，而序列平均读长在基因组测序拼接过程中至关重要。

Margalef物种丰富度指数的计算公式为：

图2-1间接法和直接法总DNA提取

生态多样性（Ecologicaldiversity）

heterotrophs:carbonisobtainedfromorganiccompounds(halophilicArchaeaandothers)

拥有超强的功能验证和解析能力。

4荧光原位杂交技术（fluorescentinsituhybridization,FISH）

传统培养分离方法是将定量样品接种于培养基中，在一定的温度下培养一定的时间，然后对生长的菌落计数和计算含量，并通过在显微镜下观察其形态构造，结合培养分离过程生理生化特性的观察鉴定种属分类特性。;Diversityarisesfromthebalancebetweenspeciationandextinctionrates.;1.5微生物多样性价值;Estimatesofbiodiversityareproblemati