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#数据库工具#CORNET-拟南芥共表达网络构建构建

Joyo

前面讲了一个拟南芥共表达网络构建的工具Crespress，

现在介绍另一个工具CORNET（forCORrelationNETworks)，asan

accesspointtotranscriptome,proteininteractome,andlocalizationdata

andfunctionalinformationonArabidopsis(Arabidopsisthaliana，ATH)。

为.

为了更好的使用CORNET，我们先简单的介绍一下它的

workflow（图1）。

1）该数据库使用了来自GEO的关于ATH的表达数据，根

据表达水平计算间的共表达关系（pearsonorspearman

correlation）。在这里数据根据不同的实验设计、组织，分成多个

expressioncompendia。

2）从多个数据库获取ATH的实验验证或者计算预测的蛋白互作

网路PPI。

3）功能注释，包括proteindomian,geneontologyand

localizationinformation.

图1.workflow

因此，CRNET将其功能分为三大类：

Co-exressiontool

PPItool

TFtool

在co-expressiontool中，CORNET允许用户自己定义search

groups,也可以使用预先定义好的groups。下图是以预先定义的为例，

共分为三步：step1,输入目标，step2，选择数据集（pre-

defined）;step3,网络构建参数，如相关性计算方法、阈值，网络是否

拓展其他，输出格式cytoscapeortxt格式。

图2.co-expressiontool

PPItool界面下图所示。也包括三步：step1,输入感；

step2，选项PPI数据库；step3，网络是否拓展以及输出方式。最下

面，对于PPI网络，是否从中提取共表达网络，调控网络等。

图3.PPItool

TFtool界面如下图所示。它的界面与PPItool的界面非常相似，

唯一不同的是step2的数据库是调控关系数据库。