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selfreqavg,selfreqcomb
1Introduction
selfreqavgandselfreqcombareprogramsforcomputingtheamplitudeandphaseofthe
hemodynamicresponseatacertainfrequency.Thisistypicallydoneinretinotopic(orphase
encoding)studies.Theseprogramsaremeanttoreplaceanalyseandcombineforphaseen-
codingstudies.Theparadigmconsistsofaperiodicallyvaryingstimulus(eg,arotatingspoke
orexpanding/contractingring).Thestimulusischaracterizedbyitsfundamentalfrequency,
direction,andtype.Thetheamplitudeandphaseofhemodynamicresponseatthestimulation
frequencyaremeasuredbycomputingtheFFToftheboldsignal.Thesignificanceoftheeffect
isassesedwithanF-testinthefollowingway.AnF-ratioiscomputedastheratioofthesignal
powertothenoisepower.Thesignalpoweristhepoweratthefundamental.Thenoisepoweris
sumoftheremainingspectrumexcludingthefollowingcomponents:harmonicsofthestimulus,
componentswithinonefrequencybinofthefundamentalandharmonics,andthefirstthreebins.
selfreqavgcomputestheamplitude,phase,andnoisedirectlyfromtherawMRsignal.self-
reqcombcombinestheresultsfromseveralinvokationsofselfreqavgintoasingleaverage.This
isdonebyseparatelyaveragingtherealandimaginarycomponentsofthefundamentalaswellas
averagingthenoisepower.Theaveragerealandimaginarycomponentsareusedtorecompute
thepoweratthefundamentalwhichisthenusedtoperformtheF-testasdescribedabove.The
softwareappropriatelyhandlesthecasewheretheinputsmayhavedifferentdegrees-of-freedom
(eg,differentnumberoftimepoints).
2Questions,Comments,andBugReports
Thesoftwareauthorsareinterestedinyourquestions,comments,andbugreports.However,
sincethesoftwareisfree,ourresponsivenesstoyourneedsmaybelimitted.Togetth
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